如“国家护持”靖国神社一样，内阁成员正式参拜靖国神社的主张也遭到日本广大反战和平团体和有良知的日本人的反对。因为这象征着为战犯平凡和歌功颂德，象征着否定侵略亚洲国家的历史和美化军国主义发动的对外侵略战争。日本一般国民大都承认过去军国主义发动对外侵略战争的历史错误，并表示不同程度的反省，希求和平，反对战争。另有不少人认为，由国家护持靖国神社和首相等内阁成员以公职身份参拜靖国神社都是违反宪法的。理由是，靖国神社是“宗教法人”，由国家负担神社的开支，内阁成员以公职身份参拜，由国库支付他们所用香火费、交通费等，违背宪法规定的“政教分离”原则及其有关规定。
基督教徒、有日本的“马丁·路德”之称的饭沼和正先生先生认为，日本不能否定军国主义过去的侵略战争，不能抹杀东条英机等战犯对发动侵略战争所负有的责任。他站在宗教的立场认为，内阁成员参拜特定的宗教法人——靖国神社是违反宪法的。为了解决这个问题，他早在1984年就提出建立无宗教性质的“国有墓地”的建议。在自民党内，也有一些政治家主张，考虑到同亚洲邻国的关系，应该妥善处理这个问题，提出将战犯与一般战死者分开祭祀和建立国立战殁者墓地的建议。但是，这首先遭到保守主义的国会议员及“日本遗族会”的反对，靖国神社方面也拒绝接受。在当前日本社会右倾化思潮泛滥的形势下，无论是建立“国立墓地”还是分祭，现实可能性都不大。
新首相小泉纯一郎上台前后，不顾亚洲邻国人民的反对，一意孤行，一再声言要正式参拜靖国神社，并且奢谈什么“不管好人坏人，死后都将成佛”，不理解亚洲邻国为什么对有甲级战犯的牌位这样在意。这一方面反映了日本国内政治右倾化的加深，另一方面也表明小泉作为日本政府的最高领导人，在政治上和外交上是多么的幼稚和无知，或许是假装糊涂。有识之士认为，小泉的这种姿态是错误的，而且是危险的。