首先根据化学组成的基本类型，将矿物分为五个大类。大类以下，根据阴离子（包括络阴离子）的种类分为类，有时在类以下根据络阴离子再分为亚类，如硅酸盐。类以及亚类以下，一般根据晶体结构型和阳离子性质分为族，有时在族以下根据阳离子种类分为亚族。族之下根据一定晶体结构和一定化学成分分为种，有时在完全类质同象系列中，根据其所含端元组分的比例划分种为几个亚种，对晶体结构相同，成分或物性稍异的则归为变种或异种。具体分类方案如下：
第一大类 自然元素矿物
第二大类 硫化物及其类似化合物
第一类 单硫化物及其类似化合物
第二类 双硫化物及其类似化合物
第三类 硫盐
第三大类 卤素化合物
第一类 氟化物
第二类 氯化物
第四大类 氧化物和氢氧化物
第一类 简单氧化物
第二类 复杂氧化物
第三类 氢氧化物
第五大类 含氧盐
第一类 硝酸盐
第二类 碳酸盐
第三类 硫酸盐
第四类 铬酸盐
第五类 钨酸盐和钼酸盐
第六类 磷酸盐、砷酸盐和钒酸盐
第七类 硅酸盐
第一亚类 岛状结构硅酸盐
第二亚类 环状结构硅酸盐
第三亚类 链状结构硅酸盐
第四亚类 层状结构硅酸盐
第五亚类 架状结构硅酸盐
第八类 硼酸盐