1997年2月，李鹏总理致电祝贺第八次伊斯兰会议组织首脑会议召开。2000年11月，朱镕基总理电贺第九次伊斯兰会议组织首脑会议召开。2001年5月，伊斯兰会议组织秘书长贝尔克齐兹致函唐家璇部长，呼吁我作为安理会常任理事国推动安理会为巴勒斯坦人民提供国家保护发挥作用。同月，唐家璇外长复函秘书长贝尔克齐兹，重申了中国在巴以问题上的一贯立场，表示中国愿加强同伊斯兰会议组织的合作，为实现中东地区和平与稳定做出贡献。
2001年10月，外交部长唐家璇同伊斯兰会议轮值主席国、卡塔尔外交大臣哈马德通电话，向其阐明了中国在反恐问题上的立场，表示愿在此问题上加强同广大伊斯兰国家的磋商与合作。2002年3月29日，外交部长唐家璇同伊斯兰会议组织轮值主席国、卡塔尔外交大臣哈马德同电话，双方主要就中东局势和伊拉克问题交换了意见。2003年3月25日，伊斯兰会议组织秘书长贝尔克齐兹就美英攻打伊拉克致函唐家璇国务委员，4月8日唐家璇国务委员复函。
2005年7月，伊斯兰会议组织秘书长伊赫桑奥卢访华。这是该组织秘书长首次访华。访华期间，伊赫桑奥卢与外交部部长助理吕国增举行会谈，就中国与伊斯兰会议组织的关系及有关地区、国际问题交换了意见。由于沙特国王法赫德病逝，伊赫桑奥卢提前结束访问赴沙吊唁。行前，李肇星外长与伊赫桑奥卢通了电话。
2008年3月，温家宝总理向第11届伊斯兰会议组织首脑会议致电祝贺。2009年8月，伊斯兰会议组织秘书处代表团访华。2009年10月，伊斯兰会议组织秘书长伊赫桑奥卢就巴以问题及巴勒斯坦被占领土人权状况致函杨洁篪外长。
2010年5月，我派员以会议主席国客人身份出席了伊斯兰会议组织第37届外长会议。6月，伊斯兰会议组织秘书长伊赫桑奥卢率团第二次访华。访问期间，全国人大委员会委员长吴邦国、外交部长杨洁篪、国家宗教局局长王作安分别会见伊，外交部副部长翟隽与伊会谈。伊一行还赴宁夏、新疆参访。访问结束后，双方发表了联合新闻公报，强调将共同努力，深化双方在政治、经贸、文化等领域的友好合作关系。12月，外交部副部长翟隽率团访问伊斯兰会议组织总部，并同伊赫桑奥卢秘书长会谈。这是中国政府代表团首次访问该组织总部。
2012年1月，温家宝总理出访沙特期间在利雅得会见伊斯兰合作组织秘书长伊赫桑奥卢，双方就中国与伊斯兰世界关系、西亚北非地区局势及其他共同关心的问题交换了看法。2012年6月，伊斯兰合作组织秘书长伊赫桑奥卢来华参加首届“中国与伊斯兰文明研讨会”，期间全国政协主席贾庆林会见伊，外交部副部长翟隽与伊会谈。
2013年2月，温家宝总理向第12届伊斯兰首脑会议致贺电。
2014年1月，外交部长王毅向伊斯兰合作组织新任秘书长伊亚德致贺电。