瑶琳洞的第三洞厅内壁上有木炭书写的“隋开皇八年”（588年）和“唐贞观十七年”（643年）的游人墨迹，至今已有1300多年的历史了。在开发中还发现了自东汉以来的陶瓷制品、古钱、剪刀和中国犀的门牙化石。其中发现有“方舟”两字的一面古镜。据查“方舟”为元宋诗人徐舫的字号，他曾在洞中避难，可能是那时遗落的，距今已有600多年历史了。此外，从“志书”和其他书籍中均记有瑶琳洞景状。乾隆时的《桐庐县志》中，记有上述宋诗人柯约斋的诗文。
经调查研究，瑶琳洞中发现有40种洞穴动物，经鉴定的有35种，它们隶属6个门、14个纲、28种，其中节肢动物门19种，占总数的55.88%，这种动物，可以分为三种类型：（1）全洞居动物，其特点是无限（自目）、无色，生活步调缓慢，不能调节体内温度，但嗅觉、触觉器官特别发育，它们与黑暗的生活环境有关；（2）半洞居动物，兼性洞穴动物群，永久生活在洞穴中，并成功地在洞穴中完成生命循环，但它们在某些洞外环境亦可生存；（3）洞栖动物，产生在洞穴中，但不在那里完成整个生命循环，它们的种类还可分经常性洞栖和偶然性洞栖。
由于瑶琳洞位于以风景优美著名的富春江畔，上游有世界自然与文化遗产圣地黄山，紧临水、山，石、林兼美的国家级风景名胜区于岛湖：东依历史名城、旅游胜地杭州市，故她得天烛厚的区位优势，使洞穴旅游业十分兴旺。同时她又有多种生物种质资源，在科研上大有前途。无疑瑶琳洞的前景十分美好，并将越来越好！