对破坏或蚕食耕地的行为，早在14年前，国家就有所警觉。中国地质大学教授吴克宁记得，1997年，原国家土地管理局通过卫星影像监测全国六十多个城市，发现城市建设占地速度非常快，占地面积也非常多，情急之下，局领导三进中南海。
也就是这一年，国务院出台了《进一步加强土地管理切实保护耕地的通知》，严格冻结非农业建设项目占用耕地1年，该文件还首次提出占补平衡概念。两年后施行的新土地管理法进一步明确了占补平衡的原则，简而言之就是“占多少，垦多少”。
吴克宁说，“从那时开始把土地管理就放到了一个非常高的高度，而且一直是最严格的管理制度。”
但现实是，“城市化每进一步，农地就会被蚕食一口。”国土资源部一位官员坦言。面对土地财政的巨大诱惑，地方政府纷纷铤而走险，“让农田上山、下海，就是那时的变通手法。”地方主官一上任往往先修编土地总体利用规划，把良田变成建设用地，再到偏远之处划出一块新的耕地，不管能否耕种，只要耕地总面积不变。
据公开资料，1998年全国耕地面积尚有19.45亿亩，仅过7年，到2005年就已降至18.31亿亩，非农建设占地成为罪魁祸首。北京师范大学环境学院教授赵烨专门核查过1997年到2010年的非农建设占用耕地面积——2746.5万亩，相当于半个海南省版图。
2010年全球粮食安全风险指数 （CFP/图）
沿海一些发达省份率先发现本地耕地后备资源稀缺，甚至开始谋求跨省易地占补平衡，2004年4月，国务院下发紧急叫停通知。此后数年，有关土地管理政令一个比一个紧急，一道较一道严厉，甚至祭出了耕地保护的“省长负责制”。
待到2006年9月召开的国务院常务会议上，总理温家宝看到第三轮《全国土地规划纲要》到2010年要保17亿多亩耕地，“总理急了，说有17就有16，要坚决守住18，而且要守到2020年。”吴克宁回忆说。
18亿亩红线自此成为不容挑战的底线。2009年4月，“杂交水稻之父”袁隆平曾对媒体表达，“要城市化……保住18亿亩耕地红线的难度很大。”他当时还说，“美国测出来的，我们的耕地面积已经没有18亿亩，少了3000万亩。”国土资源部官员旋即回应红线守得住。
但严守何其之难，除了地方政府的经济冲动外，“现实尴尬是，谁最愿意保护耕地，中央；谁最不愿意保护耕地，农民。”北京师范大学教授赵烨感叹。
“这是非常大的问题！”国土部上述官员亦对南方周末记者坦言，“农民现今所拥有的耕地量少得可怜，维持生活还可以，但要维持体面有尊严的生活是不可能的。现在这地，不客气的说就是件破棉袄，扔了怕冷，穿上丢人。说什么保障功能，很难。”
国土部正在完善耕地占补平衡政策，未来有望试行国家重大工程项目补充耕地全国统筹，如南水北调、京沪高铁等工程涉及所经省份的占用耕地，以及耕地后备资源匮乏的北京、天津、上海三城市中涉及的国家重点建设项目占用耕地的，由国家统筹占补平衡。
稍有尴尬的是，目前占补平衡政策的制定与监督均系国土部门，其“运动员与裁判员”身份引发过争议，有学者为此建议应由农业部等其他相关部委对国土部门的占补质量予以验收、考核。
谁验收并不重要，“关键是18亿亩耕地其实是由很多碎片组成的，每一碎片都是珍珠，不能让它丢了。”上述国土部官员称。
目前，国土部门正在考虑将未利用地(指农用地和建设用地以外的土地，如荒草地、盐碱地等)作为将来建设用地的新空间。他说，国外很多城市建在山坡上，而我国的城市建设往往是先占了好地，再拿钱把未利用地开发成质量较差的耕地。这正是中国耕地保护制度的尴尬之一。
另外，国土部门已确定了全国耕地质量等级调查与评定制度(全国耕地被评定为15个等别，1等耕地质量最好，15等最差)，对确实不能按数量占补平衡的，要求按等折算。
还有，基于地方土地规划频遭修编的现实，国土部也在紧张研究制定最新保护耕地政策——推行永久基本农田保护，希望通过GPS坐标定位每一块农田的准确位置。据北师大教授赵烨透露，可能从今年某个时间起，将来全国永久基本农田要保到15.8亿亩，也就是耕地18亿亩的80%以上，“以前，修路中碰到一棵古树或一个文物，我们都能绕开走，为什么碰到基本农田就绕不开了呢？”