栖霞寺建于南齐永明七年(公元489年)，名栖霞精舍。后几经扩建几经更名，曾名为功德寺、虎穴寺等，直到明洪武二十五年(公元1392年)才定名为栖霞寺。太平天国时，寺内建筑大都毁于兵火。清光绪三十四年(公元1908年)由镇江金山寺的宗仰和尚出面为重建栖霞寺募捐，直到1928年才恢复到如今的规模。
寺有三门，寺内建筑随山势依次建成，层累而建。山门内台阶上的弥勒殿内供奉着袒胸裸腹的弥勒佛。殿前是气势雄伟的毗卢宝殿，神台上毗卢佛像高5米，连须弥座高达8．6米，通体贴金，两旁侍立的梵天、帝释两菩萨及大殿两侧站立听经的二十诸天的塑像也都金光闪闪，大佛背后是观音像。毗卢殿后是悬挂“方丈”匾额的中门。
寺内最高处的建筑是藏经楼，室内佛龛中供奉着一尊用整块汉白玉雕成的玉佛，相传来自缅甸。因室内有收藏佛教经、律、论的72个函匣而得名。
在毗卢殿东南角，有一座拂塔，是著名的舍利塔，最初建于隋文帝仁寿元年(公元601年)，南唐重建。塔平面呈八角形，下有塔基和须弥座，上为密檐式，5层，高18米多，仿木结构，用白石砌成。塔基二层，一层刻有缠技莲纹。二层刻着飞凤和莲花。塔基须弥座上有释迦牟尼八相图的浮雕，依次是：托生母胎、降生、出游四方、出家和苦行、成道’、降魔、说法、涅槃。塔身第一层飞檐下八面浮雕飞 天，再上四层飞檐间的四级八面，每边刻有2尊小佛，共64尊。5层飞檐每层都有龙头，此塔整个结构均是先做好石块，再接榫安装，颇具匠心，是隋或南唐保存至今的古建筑的代表作，很有研究价值。