在玉山主峰周围，簇拥着崇山峻岭，玉山群峰海拔高度都在3000米以上，那里人迹罕至，原始林柏和稀有野生动物因此得以保存。玉山的天然植物随着地形、地质、气候的变化反映出亚热带、温带以至寒带的特征。如在2000米以下，生长着亚热带阔叶林和针阔混交林，林下长满苔藓和蕨类；在2500米处，则以针阔混交林为主；在3500米处，是由树干通直的冷杉组成的温带纯针叶林；在3500米以上，植物因受制于强风，风雪及土壤不良化育，仅形成盘虬曲张的矮盘灌丛和属于寒带的高山植物。
与主峰一鞍之隔的是玉山高峰，俗称“十峻之首”，这座海拔3900多米的山岳，三面断崖，极难攀登，冬季更是冰封雪山，人迹罕至。近邻的南蜂虽山势不凡，但岩蝉成壁，也少有人问津。玉山北峰和西峰，箭竹丛生，饶有树石盘踞之美。峰与峰之间的水域，或为瀑布，或为山泉，为刚峻的层峦凭添几分婉约。塔芬池更是奇丽无比，在一片青草地中，湖水犹如眼白和眼瞳般形成两个同心圆，故有“草原眼眸”之美名。
玉山自然公园拥有的动物种类繁多，哺乳动物种类占全台湾的一半，更重要的是，这些动物中有7种是台湾特有种，包括高山白腹鼠、台湾森鼠、烟尖鼠、台湾猕猴、长鬃山羊和宽吻髭蝠等，还有鸟类114种，爬虫类27种，两栖类动物13种，尤其是蝴蝶有400多种，致以万计的瑚蝶群在空中飞舞；构成美丽的景观。而玉山动物中最为有趣的便是黄鼠狼了，一有人登山，它会沿途跟踪，直到天黑后才咬破背包找东西吃，据说这种动物还会开罐头。具有“活化石”之称的山椒鱼，更是百万年前冰河期遗留的生物，经常栖息在海拔3000米左右的溪涧。
玉山不单以秀丽雅致出名，还有十分宝贵的人文史迹。据考察，公园境内有千余年前的汉人开发遗迹，高山族旧地及部落遗址，以及清同治十三年问开辟的八通关古道，其工程之大，技巧之高，使人游赏之余，不禁触发思古之情。
在玉山北峰看日出是很有名的，在主峰看日出则更有气势，它毕竟高于千山万岭。金光从云层中射出，诸峰如笋，神奇无比。