未解之谜一：文明起源于何方?
三星堆的发现将古蜀国的历史推前到5000年前。三星堆文化来自何方?这里数量庞大的青铜人像、动物不归属于中原青铜器的任何一类。青铜器上没有留下一个文字，简直让人不可思议。出土的“三星堆人”高鼻深目、颧面突出、阔嘴大耳，耳朵上还有穿孔，不像中国人倒像是“老外”。四川省文物考古所三星堆工作站站长陈德安接受记者采访时认为，三星堆人有可能来自其他大陆，三星堆文明可能是“杂交文明”。
未解之谜二：古蜀国是如何消失的?
古蜀国的繁荣持续了1500多年，然后又像它的出现一样突然地消失了。历史再一次衔接上时，中间已多了2000多年的神秘空白。关于古蜀国的灭亡，人们假想了种种原因，但都因证据不足始终停留在假设上……水患说：三星堆遗址北临鸭子河，马牧河从城中穿过，因此有学者认为是洪水肆虐的结果。但考古学家并未在遗址中发现洪水留下的沉积层。战争说：遗址中发现的器具大多被事先破坏或烧焦，似乎也应证了这一解释。但后来人们发现，这些器具的年代相差数百年。迁徙说。这种说法无需太多考证，但它实际上仍没有回答根本问题：人们为什么要迁徙?成都平原物产丰富，土壤肥沃，气候温和，用灾难说解释似乎难以自圆其说。那么，古蜀国消失在历史长河的真正原因究竟是什么呢?
未解之谜三：与古玛雅、古埃及文化有何联系?
三星堆出土的大量青铜器中，基本上没有生活用品，绝大多数是祭祀用品。表明古蜀国的原始宗教体系已比较完整。这些祭祀用品带有不同地域的文化特点，特别是青铜雕像、金杖等，与世界上着名的玛雅文化、古埃及文化非常接近。三星堆博物馆副馆长张继忠认为，大量带有不同地域特征的祭祀用品表明，三星堆曾是世界朝圣中心。在坑中出土了5000多枚海贝，经鉴定来自印度洋。有人说这些海贝用做交易，是四川最早的外汇，而有的人则说这是朝圣者带来的祭祀品。还有60多根象牙则引起了学者们“土着象牙”与“外来象牙”的争议。“不与秦塞通人烟”的古蜀国，居然已经有了 “海外投资”，不可思议。
未解之谜四：三星堆出土陶器上的符号有什么含义?
三星堆遗址出土了数以亿计的陶器残片，足可说明当时陶器的种类已颇为丰富。通过多年的考古发掘证明，诸如炊器、酒器、饮用器、食用器等生活用器以及少量的礼器和生产工具，在三星堆古蜀国曾被大量而普遍地使用。古朴的蜀陶向我们展示了古蜀先民日常生活中一幕生动的生活画卷。在这些陶器上可以找到一些不规则的图形符号，即所谓“巴蜀图语”。它们是文字?是族徽?是图画?或是地域性宗教符号?也许，其中某些部分具有文字意味?毫无疑问，“巴蜀图语”的破译，一定会对解开三星堆之谜起到极大的促进作用。
未解之谜五：为何没有发现任何文字记录?
在祭祀坑中发现了一件价值连城的瑰宝———世界最早的金杖。其权杖之说早已被学术界认同，但所刻的鱼、箭头等图案却引起了一场风波。一个民族必备的文明要素，三星堆都已具备，只缺文字。学者们对此的争论已有些历史，《蜀王本纪》认为古蜀人“不晓文字，未有礼乐”，《华阳国志》则说蜀人“多斑彩文章”。至于金杖上的图案是图是文，仁智各见。有的已在试图破译，另一些专家则认为刻画的符号基本上单个存在，不能表达语言。不过如果能解读这些图案，必将极大促进三星堆之谜的破解。三星堆在文字方面尚存问号，也是它吸引人的地方之一。
未解之谜六：为何会有赤裸人像的出现?
这是金沙遗址最有特色的文物之一，目前已出土12尊，造型大致相似。表现的基本都是被捆绑的裸体男性跪像。他们大多雕刻细腻，人物的面部表情也非常丰富，它们有的与石蛇一起埋藏，有的与石虎、石璧等有规律地摆放在一起，这一切迹象说明它们是特殊的祭祀用品。然而怪异的发式、反绑的双手以及赤裸的形象，都令人百思不得其解。在中原地区的远古遗址中，如殷墟，不时也会有跪立玉像的出土，这些跪立玉像身上都有衣服蔽体，看得出身份比较高贵。这样赤裸的人像此前在中原文明中从没有发现过，像金沙石像这样赤裸的人像在中原文明中从没有发现过。他们来自何处?他们的族属是什么?石像的用途何在?
未解之谜七：金蛙造型器物是传说中的禺强?
在金沙遗址中，出土了一类独特的金蛙造型器物。在中国远古神话传说中，蛙是生殖崇拜和月亮崇拜的代表，中国古代文献中有很多关于月中有蟾蜍的记载，同时祭蛙求雨也是一种较为古老的祭祀习俗。这类造型的金器为金沙遗址所独有，有学者推测此类器物很有可能是与金沙“太阳神鸟”金饰组合，贴附在漆器上使用。其构图为“太阳神鸟”金饰居于漆器的中央，周围等距放射状或旋转状的排列金蛙形器。也有专家认为，金沙的金蛙从嘴部造型看不像蛙嘴像鸟嘴，而且有呈螺旋形的翅膀，因此很有可能也是从鸟形变化而来，甚至有人推测，它们可能是风神兼水神禺强的化身。