金砂出土的象牙则引起了学者们“土着象牙”与“外来象牙”的争议。有专家推断可能是附属小国进献的贡品，
也有的认为就是本地的产物，还有人表示是贸易往来的结果。
成都市文物考古研究所所长兼金沙博物馆馆长王毅表示“目前出土的象牙经过鉴定，基本属于亚洲象。但现在的亚洲象主要分布在印度、孟加拉国等地，
蜀地向来交通不便，从外地输入的可能性不大，更为合理的解释就是古蜀国当时产象。”
据王毅分析，3000年前的蜀国气候温润、雨量充沛，和中原地区相比，更具备大象的生存环境。“从现在的出土文物和考古资料来看，
中原地区在商代就有大象出没的记录，甲骨文里还记载了商王捕象的内容。由此可以推断，在同时代的成都平原上很可能有大量活动的象群。”
“一个有意思的现象是，大量的象牙主要堆积在祭祀区，说明当时人们把这些至高无上的象牙献给蜀王后，
蜀王就用这些象牙来祭天地、祭鬼神和祭祖先。”
但从金沙出土的象牙来看，最长的达到1.8米多，一般也在1.6米左右。这样的长度连现在大型的非洲象都难以达到，何况身材短小的亚洲象呢?看来象牙之谜还未揭开。
未解之谜九：三星堆金杖之谜何在?
金杖的来源引起了人们的种种猜测，更是三星堆的一个千古之谜。
有的学者认为金杖是一种外来文化，源自西亚或埃及，由遥远的西亚北非传来，
但大部分学者否定这种推测，认为杖是一种权力的象征。
学者认为在我国原始社会末期，氏族首领就有用杖的习惯。在江浙一带的史前良渚文化的大墓中，有仪仗玉质附件出土。
蜀山氏来自山区，用杖助力，更是一种必要的器具。
至今，四川剑门藤杖，仍驰名中外。我国历代王朝，都有赐杖与老臣的惯例。从金杖上的图案来看，鱼鸟象征吉祥，
箭翎则表示威武，这正是金杖作为权力象征的应有之义。
因此，一般认为金杖是至高无上的权威标志，是王权的象征。或者认为金杖是大巫师手中的魔杖、法杖，是神权的象征。
还有人认为金杖集神权与王权于一体，是政教合一体制下的“王者之器”。
至于金杖上的图案是图是文，仁智各见。有的已在试图破译，另一些专家则认为刻画的符号基本上单个存在，不能表达语言。
不过如果能解读这些图案，必将极大促进三星堆之谜的破解。三星堆在文字方面尚存问号，也是它吸引人的地方之一。
未解之谜十：那么多精美的玉器和铜器是怎么造出来的?
三星堆出土了众多精美的玉器和铜器，如此精湛的技术以现在的水平来看也不是一朝一夕能完成的，
我们不得不惊叹于几千年前三星堆地区能工巧匠的手艺。
三星堆青铜器群所表现出的令人惊叹的青铜冶铸技术及其所代表的青铜文化到底是如何产生的呢?确实使人难以猜测!
有人认为，这是蜀地独自产生和发展起来的。
有人认为，这是受周边邻国，尤其是中原文化影响而产生的。
有人认为，这主要是受荆楚文化影响。
有人认为，三星堆青铜器颇受西亚、近东、南亚等地的外来因素的影响，是文化采借的产物。
更多的学者认为，三星堆青铜器群的产生因素，有中原文化及其他地区文化的影响，但更主要的还是属于自身特点，即本地因素。
以当时的技术水平来看，工匠们使用了何种工具和器物对玉器和铜器进行加工，还是未解之谜。
未解之谜十一：三星堆古蜀国的政权性质及宗教形态如何?
三星堆古蜀国是一个附属于中原王朝的部落军事联盟，还是一个相对独立的已建立起统一王朝的早期国家?其宗教形态是自然崇拜、祖先崇拜还是神灵崇拜?或是兼而有之?这些仍然是一个谜。传说玉皇大帝从天上撒下了三把土，成为突兀在大平原上的圆丘状土堆，犹如一条直线上分布的三颗金星，三星堆因此得名。与三星堆隔河相望，为一块高出周围的弧形台地月亮湾，当地人把三星堆和月亮湾视为神圣不可侵犯的风水宝地，并赋予“三星伴月”的美称。20世纪80年代三星堆的惊人发现让“三星伴月”更加名闻世界。
与三星堆隔河相望，有一个高出地面两头尖中间弯的月牙儿似的台地，叫月亮湾。1929年的春天，月亮湾附近的燕家院子，
有一位叫燕道诚的农民和家人正在门前不远的地方挖水沟准备引水灌溉的时候，突然发现流水抽不上来，燕家父子于是进行下水疏通，在掏泥沟时
石板下，有个石洞，通向一个长方形的坑道，坑道里放满了玉器。中央层层摆放有序的一堆玉瑗，像一座玉宝塔。
最大的玉瑗，有筛子那样大。加上其他的玉圭、玉璋、玉琮、石斧及石璧等，总数达四百余件。
着名的“青铜大立人像”出土时，在不算太宽的坑沿上，三四个人并排站在一起，连同坑下的三个人，
大家一起才把这个庞然大物轻轻地托了起来。
这些稀世珍宝不可能是私人拥有的器物，而是国家宗庙里才能拥有的礼器、神像。
但这些器物全部被古人砸碎、焚烧后按一定的先后顺序埋入坑中，这到底是为什么呢?
未解之谜十二：三星堆祭祀坑的年代和性质?
有关三星堆祭祀坑的年代争论，具体有5种不同的推断。
①殷墟一期前后说。认为两座器物坑的年代分别为：一号坑相当于殷墟一期，二号坑相当于殷墟一期偏晚阶段或殷墟一、二期之交，不晚于殷墟二期。
②商代晚期说(指相当于殷墟一期和殷墟晚期)。为发掘简报所定，一号坑相当于殷墟一期，即盘庚至小乙时期(高大伦认为可到武丁前后);二号坑时代晚于殷墟一、二期，大致相当于殷墟晚期。高大伦、李映福撰文认为，从玉石器的形制、种类考察，两坑的时代应为商代晚期。
③商末周初说。有学者认为两坑为同一时期的遗存。胡昌钰、蔡革也认为两坑的下埋下限时间相同，均在殷末周初。
④西周后期说。宋治民根据对一号坑出土青铜器、玉石器和陶尖底盏、器座形制的分析，认为其属于遗址第四期，时代大体相当于西周后期;二号坑的时代与一号坑属于同一时期。并强调此西周后期系指坑本身的年代以及出土陶器的年代，部分青铜礼器的铸造和玉石器的制作年代，可能要早于坑本身的年代。
⑤春秋说。认为两坑出土青铜器的制作年代、使用年代和埋藏年代，应区别对待，指出这批青铜器埋藏年代大约在春秋初期，早不过西周。
有关两坑的性质有以下观点：
墓葬说——此说可分两说。一为陪葬坑说，此说认为两坑周围可能有某代或某几代蜀王的大墓尚未发现，两坑只是其器物陪葬坑。二为火葬墓说，此说特别重视一号坑中出现的大量烧骨和权威人士所使用的金杖等物品，认为两坑埋葬有死于非命的蜀王。厌胜掩埋说——此说从萨满教宗教文化的研究角度入手，认为两坑器物曾被视作“灵物”，当其“失灵”后，人们将其毁弃焚烧，以刺激灵物。同时，此说很重视两坑中大量象牙作为巫术工具的厌胜驱邪作用。器物坑说——此说又可分为两种说法。一为“灭国宝物掩埋坑”说，认为两坑是后朝推翻前朝之后，将其神庙中物捣毁掩埋，即所谓“灭国”“覆社”之结果。二为“不祥宝物掩埋坑”说，认为两坑的掩埋物是已故蜀王或旧时代的神庙之器，新王视其为不祥之物，存之对己不利，故而加以毁埋。窖藏说——此说联系到三星堆遗址曾发现几处玉石器的埋藏坑，并结合附近彭县竹瓦街20世纪50年代和80年代均出土有商周时代的青铜器窖藏这种情况，推测两坑亦属窖藏。祭祀坑说——这种观点首先为发掘者所提出，在目前最具有代表性，认为两坑是某种大型祭祀活动之遗存，坑内之物皆为祭品，在经过“燔燎”等各种祭祀活动后，再加以“瘗埋”。造成两坑掩埋的原因恐怕也是所有人都关心的一个重要问题，这在学术界也有各种说法，最有代表性的是“敌国入侵说”和“改朝换代说”。
未解之谜十三：三星堆谜团何时能得到解密?
三星堆博物馆里展出的文物，是长达70年考古发掘的成果。现在正紧张进行的发掘工作是第13 次大规模发掘。三星堆工作站站长陈德安告诉记者，本次发掘集中在古城中心位置，将极有可能发现古蜀国的宫殿。目前，已发掘出了涉及数十个朝代的碎陶片。12月17日，中央电视台将现场直播发掘工作，考古学家们笑着说：“17日，17日就都知道了。”结果如何，目前还是一个谜。但有一点可以肯定，三星堆的神秘面纱不会就这么轻易被揭开，在12平方公里的文化重点保护范围内，已发掘的仅有7000平方米。余秋雨看过三星堆后说：“伟大的文明就应该有点神秘，中国文化记录过于清晰，幸好有个三星堆。”我们知道，三星堆文化最大的特点就是怪异，它不同于先前被发现的任何一支华夏文明，甚至完全独立于中原文明，而且它的青铜冶炼技术高度发达，丝毫不输商周。夏朝属于黄河流域，三星堆属于长江流域，这似乎说明中华文明的源头是多元的!
关于三星堆的正朔，最近的舆论真是尘嚣喧上，有支持西来说的：因为三星堆的太阳轮、金权杖、怪异的人物特征等，都与古埃及、苏美尔甚至玛雅文明有相似之处，三星堆可能是这些文明的嫡脉;有支持外星说的：文明高度发达，不留任何记载，风格特立独行，或许外星人才能这样;还有人指出三星堆是正宗的华夏文明，或许是古彝族有很深的渊源。