本区已知高等植物近2000种，特有种150多种。动物种类也很多，鸟类230多种、兽类40种，昆虫就更多了，现在已定名的有500多种。大熊猫和金丝猴常在南坡的一些地方活动。从资源角度看，本区历来是材用、药用和食用物种的开发基地，杨树的遗传资源有很大的潜在价值。
对本区生物多样性保护最大威胁是过量采伐森林、采药和狩猎，其次旅游者不断增加也是一个严重威胁因素。本区主要自然保护区是太白山保护区，除了加强管理，加强保护和科研以外，特别要注意发挥自然资源优势，从饲养野生经济动物和引种野生经济植物上下功夫，带动周围农民开展农业综合开发，并将开发计划纳入自然保护区的全面规划之中。这样，使保护区的保护工作更加有保障，更加安全。
4．川西高山峡谷地区。该区面积很大。生物多样性最丰富的区域是岷江上游，著名的以保护大熊猫为首要任务的卧龙保护区及其周围山地可作为其代表。植被的垂直分布非常明显，一般海拔1600m以下为常绿阔叶林。海拔1000m以下为栲树、瓦山栲、箭杆石栎、粗穗石栎以及许多樟科植物。海拔1000～1600m以青冈栎、峦青冈和包石栎为主。海拔1600～2000m范围的山地，落叶阔叶树的种类和数量逐渐增加，形成特殊的山地常绿落叶阔叶混交林，常绿阔叶树还是上述那几种居多，落叶阔叶树有许多特有种，如天师栗、珙桐、水青树、连香树等。海拔2000～2600m山地，针叶树种如铁杉、云南铁杉和油麦吊杉等成片生长，混生一些耐寒的落叶阔叶树，如红糙桦、多种槭树等，构成独特的山地针阔叶混交林。海拔2600至3600m山地，形成亚高山针叶林带，阴坡亚高山针叶林占据了绝对优势地位，岷江冷杉林面积最大，零星分布有紫果冷杉、黄果冷杉、紫果云杉、云杉、青杄、四川红杉等；阳坡有大片古地中海残遗的硬叶常绿阔叶林的分布，主要建群种为川滇高山栎。海拔3600～4600m范围主要为高山灌丛和草甸所占，主要种类为紫丁杜鹃和矮生蒿草。海拔4600～5200m范围，呈现高山冰缘稀疏植被外貌。海拔5200m以上为高山冰雪带，发育为现代冰川。
本区受第四纪冰川影响较小，形成了动植物的“避难所”；又由于高山深谷，走向南北，是物种交换的走廊。据不完全统计，高等植物有4000多种，特有种260多种。该区是大熊猫最理想的栖息生境，约占全国总数的10％。已知兽类有96种、鸟类近300种、两栖类15种、昆虫1700多种。区系组成复杂，既有猕猴、云豹、水鹿、灵猫、果子狸等喜温湿的动物，也有白唇鹿、牛羚、猞猁、岩羊、藏雪鸡等耐寒的高原动物和北方动物。
本区是中国第二大林区的一部分，动植物资源十分丰富。但是，过量的砍伐森林、采药和狩猎已威胁到整个林区的安全。卧龙自然保护区的建立，为保护大熊猫及为生物资源的保护和持续利用，起了积极促进作用；但仍需坚持生物圈保护区的要求，把保护、科研、教育和培训、生产和生态旅游等五个方面紧密结合起来，为本区的经济建设、社会发展和自然保护做出更大的贡献。
5．滇西高山峡谷地区。本区处于滇西北横断山脉纵谷最西部分，西有高黎贡山，东有碧罗雪山，怒江峡谷深嵌其间。地带性植被是常绿阔叶林，主要分布于海拔1100～2800m范围，种类因高度而异。海拔1800m以下，以思茅栲、腾冲栲、刺栲、元江栲为主，也混杂有多种石栎。海拔1800～2800m范围，以滇青冈、高山栲、峦青冈和薄片青冈等为多，一些耐寒的石栎混生其中，局部地方有小片秃杉林，乔松林和大片云南松林的分布。海拔2800～3800m山地，出现亚高山针叶林，一般下部湿润处多为云南铁杉林，干燥处为垂枝香柏林；上部以长苞冷杉林、苍山冷杉林为主，局部地方有怒江冷杉林、中甸冷杉林和怒江落叶松林的分布。海拔3800～4500m山地为高山灌丛和草甸所占，前者多见于山坡上，建群种为桃花杜鹃、宽钟杜鹃等多种多样杜鹃；后者多见于地势平缓水分充足的地方，禾本科草类为多。海拔4500m以上为高山冰缘稀疏植被。南部海拔1100m以下局部干热河谷地带，有小片稀树草原的分布。
本区生物资源种类丰富。据统计，高等植物有2000多种，兽类100种以上，鸟类300种，被誉为“哺乳动物祖先分化的发源地”、“世界雉鹊类的乐园”，“南北动物的走廊”和“第四纪冰川活动时期原生动物的避难所”，如羚牛、滇金丝猴、赤斑羚、斑羚、小熊猫、戴帽叶猴、黑麝、宽额牛、白眉长臂猿、野牛等都是珍贵的物种。本区值得引种栽培的珍贵速生材用树种和药用植物很多，名贵花卉植物如杜鹃花、兰花、山茶花等闻名世界。本区野生动植物资源开发利用潜力很大，关键要在引种栽培和驯养上狠下功夫。
6．湘黔川鄂边境山地地区。本区著名的山系有武陵山、梵净山、雪峰山、巫山、齐岳山等。大多数丘陵地区天然森林已被砍伐，但某些山地仍保存有一定面积的原始天然森林。海拔1000m以下山地，地带性植被类型为常绿阔叶林，主要建群种有栲树、甜槠、米槠、钩栗、小叶青冈等，混生的樟科植物不少。海拔1000～1900m的山地，落叶阔叶树不断增加，形成独特的山地常绿、落叶阔叶混交林，代表种是多脉青冈、峦青冈、峨嵋栲、亮叶水青冈、长柄水青冈、檫木等。由于海拔高度不够，没有形成明显的山地针阔叶混交林和亚高山针叶林带，但局部地方有小片的铁杉、阔叶树混交林和冷杉林的出现，例如梵净山冷杉林等。石灰岩地区有小片常绿、落叶阔叶混交林的分布，主要建群种为青冈栎、青檀、光叶榉、黄连木等。
据统计，本区高等植物有2500种以上，特有种很多，残遗种不少（如水杉、银杉等）。动物种类很多，已知兽类70多种、鸟类170多种、两栖类30多种、爬行类40多种，黔金丝猴和华南虎是极其闻名的。本区是中国南方林区的一部分，现存的天然森林不应再采伐，珍贵的速生材用、药用、菌用和芳香林木以及毛皮兽等资源，都应该在持续利用方针指导下，有计划地、合理地开发利用。本区已建立的著名的自然保护区有：湖南的八大公山、湖北的利川、贵州的梵净山、四川的金佛山等。