位于闽江口外 25～40 公里。总面积约 20 平 方公里，人口约 1 万。属连江县管辖。元时闽浙沿海渔民常停泊渔船于此。 明初，渔民陆续上岛定居。马祖因南竿塘上的马祖澳而得名。马祖列岛由南 竿塘（又称马祖岛）、北竿塘、高登岛等 3 座较大岛及附近 13 小岛屿组成。 马祖岛最大，面积 10.4 平方公里，岸线长 23.5 公里。地势西部和东北部较 高，以园台山为最高，海拔 249 米。北岸青水澳和西岸马祖澳是船舶停靠处。 北竿塘又名长屿山，面积 7.13 平方公里，中部壁山 297 米，居列岛最高点。 高登岛又称北沙岛，距黄岐半岛仅 9.2 公里，面积 1.25 平方公里，地形南宽 北窄，地势南高北低，南部下目山 177 米，为全岛制高点。在南、北竿塘之间为马祖海峡，水深可达 40～50 米。
马祖列岛属亚热带海洋性气候，温差小， 多大风。马祖列岛为岩岛，海岸陡峭，北竿塘西岸和南岸有沙滩发育。岛上 耕地少，居民多以捕鱼为业，主要海产品有大黄鱼、鲳鱼、鳗鱼、丁香鱼等。