虽然独立国家联合体是由上述11个共和国“在平等的原则基础上作为缔约各方组成”，但独立国家联合体“既不是国家，也不是超国家实体”，而是一种非常松散的国家之间的联合形式，其协调机构由国家元首理事会和政府首脑理事会组成。
国家元首理事会是独联体的最高机构，由联合体各成员国的国家元首组成。理事会有权讨论和决定关于成立独立国家联合体协议和发展该协议其他文件所规定的问题，包括由于苏联停止存在和撤销联盟机构所产生的法律继承问题；讨论与协调联合体国家在共同感兴趣的领域里的活动有关的原则性问题。
国家元首理事会每年开会不得少于两次。非例行会议可以根据联合体多数国家元首的倡议召开。在理事会会议上，国家元首根据联合体各国国家名称的俄文字母顺序轮流担任会议主席。国家元首理事会会议一般在明斯克举行，亦可根据与会者之间的协议在联合体国家的任何一国举行。
政府首脑理事会由独联体各成员国政府总理或部长会议主席组成，负责协调和解决联合体各成员国共同面临的社会经济问题。
政府首脑理事会每三个月至少开一次会议。如果理事会没有作出另行规定的话，每次例会结束前应对下一次会议的日期和议程作出安排。经多数政府首脑倡议，也可以召开非例行会议。理事会会议主席也是由政府首脑按照联合体各国国家名称的俄文字母顺序轮流担任。政府首脑理事会会议一般在明斯克举行，亦可根据各国政府首脑之间的协议在联合体国家中任何一国召开。
国家元首理事会和政府首脑理事会开展活动的基础是：相互承认并尊重各成员国的国家主权和平等、享有不可剥夺的自决权、平等和互不干涉内部事务的原则；不使用武力和以武力相威胁；不施加经济或其他方式的压力；和平解决争端；尊重人的权利和自由(包括少数民族的权利)；认真履行国际法义务以及其他公认的国际法原则和准则。独联体成员国互相承认并尊重领土完整及现有边界不可侵犯。
国家元首理事会和政府首脑理事会有权在必要时作出有关最重要的对内和对外问题的决议。每一个国家在理事会中拥有一票。理事会的各项决议必须通过一致同意的原则作出。任何一个国家都有权声明不参与某一问题。
联合体国家元首理事会和政府首脑理事会可以举行联席会议。根据国家元首理事会、政府首脑理事会的决定，可以成立常设的或临时性的辅助性工作机构。工作机构由各成员国的全权代表组成，可以吸收专家和顾问参加会议。独联体各成员国的国语为理事会官方语言，俄语为工作语言。白俄罗斯首都明斯克市为独联体协调机构的所在地。