厄尔尼诺发生时，秘鲁渔获量严重减少，并波及世界饲料市场供应；鱼类尸体堆积在海滨，污染了周围的海水；沿岸地区和岛屿上的海鸟因缺乏食物纷纷逃离，影响了鸟粪工业生产，使工人失业。厄尔尼诺不仅给南美沿岸人民生活带来巨大灾难，也往往酿成全球性的灾难性气候异常，如接连出现的世界范围的洪水、暴风雪、旱灾、地震等，报纸上概称为“厄尔尼诺现象（事件）”，科学家们则把那些季节升温十分激烈，大范围月平均海温高出常年1 °C以上的年份才称为厄尔尼诺年。1982～1983年，通常干旱的赤道东太平洋降水骤增，南美西部夏季出现反常暴雨，厄瓜多尔、秘鲁、智利、巴拉圭、阿根廷东北部遭受洪水袭击，厄瓜多尔的降水比正常年份多15倍，洪水冲决堤坝，淹没农田，几十万人无家可归。在美国西海岸，加州沿海公路被淹没，内华达等五个州的洪水和泥石流巨浪高达9 m。在太平洋西侧，澳大利亚由于干旱引起灌木林大火，造成多人死亡；印度尼西亚的东加里曼丹发生森林大火，并殃及马来西亚和新加坡；大火产生的烟雾使马来西亚空运中断，3个州被迫实行定量供水，新加坡的气候异常炎热。据估计，本次厄尔尼诺事件在世界范围造成的经济损失约为200亿美元。
我国的旱涝与厄尔尼诺的关系不如印度尼西亚等地密切，据我国学者分析，一致率大约只有60%。中国在厄尔尼诺年，一般河套一带干旱，淮河下游一带多雨；东北常出现低温冷害，粮食减产；南方梅雨期入梅偏迟或空梅；在厄尔尼诺的下一年，河套一带多雨，淮河下游则干旱。
厄尔尼诺的出现没有固定的周期，有时仅隔一年就出现，有时却相隔五六年才出现，因此预测十分困难。为加强模拟和预测，科学家们通过国际合作，建立了全球性的海洋与大气监测网。