海洋有很强的自净能力，但是这种自净能力是有限的，进入海洋的废物超过海洋自净能力时，海洋就会遭受污染。因此，对海洋生态环境必须不断加以治理和保护。我国沿海地区在经济建设和海洋开发中也会产生大量废水、废物，通过不同方式排放入海，影响海洋环境。目前，我国沿海地区每年排放入海的污水约90亿吨，这些污水中的主要污染物是营养盐、油类和重金属；港口和航道建设每年有8 000～10 000吨疏浚物倾倒入海。海上油气资源勘探开发和船舶事故，也有可能造成海洋环境的污染。我国十分重视海洋环境保护工作，逐步建立了海洋环境保护机构和海洋环境保护法规体系，社会各界保护海洋的意识和法制观念不断增强，海洋环境保护事业不断取得新进展。
（1）海洋保护法制建设。我国政府在1985年11月加入了《1972年伦敦公约》，后来又加入了《生物多样性公约》。1996年5月15日，全国人民代表大会常务委员会正式批准《联合国海洋法公约》，这标志着我国海洋工作已与国际接轨。
1982年，我国颁布了《中华人民共和国海洋环境保护法》。这是我国保护海洋生态环境的基本法律，对防止海岸工程、海洋石油勘探开发、海上船舶航行、废物海上倾倒、陆源污染物损害海洋环境等作了法律规定。此后，我国政府又相继颁布了一系列与海洋环境保护有关的行政法规，以及10余项政府各部门制定的海洋环境保护规章和海水水质标准等，形成了比较完整的海洋环境保护法律体系和技术规范。国家有关部门还制定了海洋环境保护规划和计划，以及湿地保护、生物多样性保护等专业计划。
我国已建成海洋环境监测网，包括在港口、河口、排污口设立了242个监测点，在海上设立了232个监测点，覆盖50万平方千米海域。我国还组建了海洋监察执法队伍，国家海洋局拥有4个海监大队，1个“中国海监”航空队，23艘海监船，2架海监飞机，12艘调查船，12个锚定资料浮标和50个海洋监察站，对重点海区、航道、海洋石油开发区、海洋倾废区、主要渔场及陆源排污口进行经常性监视监测，对船舶排污、石油平台井喷溢油及赤潮灾害进行应急监视和取证，对一些污染较重的海域及时进行综合治理。同时还在大连湾、锦州湾、胶州湾、长江口、珠江口等重点海域开展了环境管理和海洋倾废、石油勘探开发和海底电缆管道铺设的管理，建立起保护海洋环境、海洋资源的举报制度，基本上制止了随意在海上乱倾废的现象，维护了水质良好的大面积海域。
（2）控制陆源污染。我国在控制陆源污染方面建立了一系列制度，加强重点排污口的监测、监视和管理，取得了重要成果。1980年至1990年，沿海地区工业和城市污水排海量年均增长率控制在3%左右，低于全国工业污水年增长7.9%的水平。沿海大中城市还不断调整工业布局，加强技术改造，开展三废（废气、废水、废渣）综合利用，对污染严重的企业限期治理或关、停、并、转、迁，并建设了一批污水处理厂，控制新污染源，减少了陆源污染物入海量。为防止船舶和港口污染海洋，各类船舶均按规定装备了油水分离装置，编制了《船上油污应急计划》。港口普遍建设了含油污水接收处理设施和应急器材，每年处理船舶含油污水370万吨，回收废油4.2万吨。为了防止海上石油开发对海洋环境的污染，钻井船舶全部配备了油水分离器和污水处理装置，各油田都配备了围油栏、化学消油剂，以及溢油回收船。海上油田还普遍制定了“海洋石油勘探开发溢油应急计划”。
（3）海上倾废管理。作为《1972年防止倾倒废物及其他物质污染海洋的公约》（《伦敦倾废公约》）的缔约国，我国重视执行该公约的规定，并不断加强对海洋倾废的管理。到目前为止，我国已建立了34个三类疏浚物倾倒区，4个空中放油区，签发倾倒许可证近2 000份。同时，大力加强倾倒区的环境质量监测工作。我国严格禁止在海上处置一切放射性物质，逐步停止海上倾倒工业废物，禁止工业废物和阴沟污泥在海上焚烧。
（4）保护渔业水域。我国有关部门制定了《渔业水质标准》、《贝类生产环境卫生监督管理规定》、《养虾排水标准》、《养殖环境管理办法》、《渔业环境监测技术规范》等规章制度，并采取了一系列管理措施，加强对海洋鱼、虾类产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道、养殖场的生态环境保护。国家和沿海地区建立了渔业环境保护委员会，全国建立了27个渔业环境监测站，重点渔业水域建立了一批海洋生物保护区。
（5）保护渔业资源。我国重视近海渔业资源的保护工作，先后建立了各种禁渔区、禁渔期、保护区，实行伏季休渔、限制幼鱼比例等制度，取得了良好的效果。自1995年起，在东海和黄海实行新的伏季休渔制度，即在北纬26°～35°的黄海和东海渔区，每年6月1日～9月15日，禁止所有拖网和帆船张网作业；北纬35°以北的黄海渔区，每年7月1日～8月31日，禁止所有拖网和帆船张网作业；北纬24°30′～26°海域，也休渔两个月，具体时间由福建省政府决定。在黄海中部设立了对虾亲虾休渔区，比较好地保护了对虾资源。在休渔期间，做到“船靠港、网入库、人上岸”。1997年我国政府制定了控制海洋捕捞强度指标的政策，其中最重要的是加强对渔船数量和功率的控制，要求将其控制在1995年以前的水平；同时，严格限制拖网和定置网作业，压缩帆船张网规模。
休渔制度已经取得了很好的经济效益、社会效益和生态效益。休渔期间，带鱼、黄鱼、鲳鱼等幼鱼资源得到保护，近海渔业资源得到休养生息，资源量明显增加。据统计，1997年与1994年比较，带鱼增长15%，小黄鱼增长37%，鲳鱼增长113%，鲐鱼增长17%。
我国积极参与了公海渔业资源的保护管理工作。从90年代初开始，我国先后参加了一系列公海渔业资源养护和管理公约，参加保护渔业资源的国际合作。1993～1995年，我国参与了联合国《关于养护和管理跨界和高度洄游鱼类种群协定》的制定工作。先后与俄罗斯、美国、日本等国就开发和保护白令海渔业资源问题进行谈判，并签署了《中白令海峡鳕资源养护和管理公约》。为了保护公海渔业资源，我国参与了保护金枪鱼、鲸类，以及濒危物种的国际活动，并参加了《促进公海上渔船遵守国际养护和管理措施的协定》的制定工作。
（6）海洋自然保护区建设。1995年我国政府有关部门制定的《海洋自然保护区管理办法》，贯彻“养护为主、适度开发、持续发展”的方针，把各类海洋自然保护区划分为核心区、缓冲区、实验区，科学合理地进行海洋自然保护区的建设和管理。到2000年，我国已建海洋类型自然保护区59个，总面积1.29万平方千米，其中包括海湾保护区、海岛保护区、河口海岸保护区、珊瑚礁保护区、红树林保护区、海岸泻湖保护区、海洋自然历史遗址保护区、湿地保护区等。
（7）海洋防灾减灾。我国是世界上海洋灾害最严重的国家之一。以台风为例，全世界每年在热带洋面生成80多个台风，其中北半球有60多个，影响我国的有20多个。海雾、风暴潮、巨浪、海冰等灾害也很多。影响我国沿海的风暴潮、海浪、海冰、地震海啸、海岸侵蚀、台风和海雾，以及赤潮生物灾害等海洋灾害，在各类自然灾害总经济损失中仅次于洪涝灾害和农业气象灾害，约为全部损失的10%。近20年来，我国每年由海洋灾害造成的直接经济损失约5亿元人民币，死亡人数约500人。
为了减轻海洋灾害损失，我国建成了由近海到远海、多部门合作的海洋环境及灾害观测网络和预报、警报系统，开展了主要海洋灾害分析、预警报和评估业务，建设了海上搜救中心和沿岸防灾准备应急系统，形成了独具特色的海洋减灾体系。目前，中央人民广播电台每天都播放海洋环境预报信息，包括海浪、风暴潮、海冰等；沿海地区的地方电视台和广播电台，也预报海洋环境信息，为开发利用海洋的各种活动提供服务。
（8）海洋环境保护规划。随着沿海地区经济的迅速发展、人口的逐步增加和海洋开发规模的不断扩大，我国海洋环境保护面临的形势依然严峻。为了保护好海洋环境，我国制定了《全国海洋环保“九五”（1996～2000年）计划和2010年长远规划》，继续贯彻“预防为主、防治结合，谁污染谁治理，强化环境管理”三大政策，并采取以下主要措施保护海洋环境。①加强污染源控制，制定入海河流全流域水质目标，综合处理排入污水管网的城市生活污水和工业废水，建立重点海域排污总量控制制度，确定主要污染物排海指标，颁发污染物排海许可证，严格限制超过规定数量的排放。②加强海洋污染调查、监测和管理，完善污染监测网，健全卫星、船舶、岸站立体监视和执法体系。③逐步建立排污收费制度，对清洁生产企业实行减税制度，鼓励社会各方面发展海洋环保技术和产业。④加强海洋监测和灾害预警系统建设，建设观测网、数据采集与通讯网、预警和服务网，以及资料质量控制系统等。