清源山是闽中戴云山余脉，峰峦起伏，石壁参差，望州亭巨石、罗汉峰等象形岩石遍布全山，自古有“闽海蓬莱第一山”之称，山麓右侧的老君岩为一宋代巨型老子坐像石雕，高5．1米，宽7．3米，形态慈祥和蔼，是国内现存的最早、最大的道教石雕。老君岩南的千手岩前苍松挺拔，岩后怪石嶙峋，岩内有石刻观音坐像一尊。清源山右峰上有弥陀岩，古木参天，巨石峭立，在一座刻有“洞天别观”的元代石室内，供一草阿弥陀佛石雕像。右峰最高处为有“苍崖千尺峭空虚”之称的南台岩。
九日山摩崖石刻历史悠久，素有“山中无石不刻字”之称，其中尤以“祈风碑刻”为游人所瞩目。
清源山上水景丰富，泉、涧、潭、瀑约有135处，区内人文景观数量多且较集中，唐代以来各代儒、道、佛三教竞相占地造字。现存有中外驰名的开元寺、紫泽宫道观等。