桑耶寺位于札囊县境内的雅鲁藏布江北岸，相传是赤松德赞为表彰自己功绩请印度精通佛法的僧人莲花生主持兴建的。该寺归属萨迦教派。全寺占地近9公顷，总平面为圆形，中心为坐西朝东的乌策大殿，在大殿四角方向建有红、白、绿、黑四塔。
乌策大殿是全寺最壮观的建筑。殿高三层，各层风格不同：底层为藏式风格，中层为汉式建筑风格，顶层为五塔相峙的印度建筑风格。殿内主供释边牟尼。大殿和甬道回廊均绘满壁画，其中一组是关于金城公主的故事。在大殿四角中分线的延长线上建的四塔。距殿角10米，建筑形式都不相同。红塔在大殿西南角，塔身用砖石砌成，形方而实圆，状如覆钟；白塔在东南角，与北京的北海白塔相似，在塔座四周的方形围墙上。立有小塔108座；黑塔在大殿西北角，形如覆锅，用条砖砌成；大殿东北为绿塔，呈四方多角形，塔身为绿色琉璃砖砌成，上置相轮宝刹，最为精美。四塔形制各异，是西藏喇嘛塔造型中的一绝。
桑耶寺是西藏古代建筑中员有特色的一组建筑，它的布局完全是按照佛教的世界宇宙念观安排。乌策大殿象征世界的中心须弥山；殿南的米玛殿和殿北的达娃殿，分别象征日轮和月轮；四塔代表四大天王；大殿周围的12座佛殿表示须弥山四方咸海中的四大洲和八小洲；四周的圆形围墙代表世界的外围铁墙。这种做法在全国的佛寺中，是绝无仅有的。
桑耶寺和其他寺庙一样，藏有许多珍贵文物，如壁画、唐卡、法器等，除此之外，在大殿正门南侧墙边有一块石碑，这就是著名的桑耶证佛碑，上有用古藏文携刻的碑文。大殿正门的门桅上，挂有清朝皇帝题写的“格鲁伽兰”匾额。匾前门廊的额枋上悬有一口唐代铸造的铜钟，钟上用铭文刻着赤松德赞弘扬佛法的功绩，这也是桑耶寺的一宝。