色拉寺的主要建筑有三个扎仓，即结巴扎仓、满巴扎仓和阿巴扎仓。17世纪时该寺的僧人达5500人，最多时达万名，是仅次于哲蚌寺的格鲁派第二大寺。在建筑格局上与西郊哲蚌寺、市中心的大昭寺相互呼应。
色拉寺的主殿措钦大殿是1709年由蒙古和硕特部固始汗的后裔拉藏汗主持修建的。大殿共4层，正殿内供奉强巴佛和建寺人释迦也失的塑像。佛殿中供有文殊菩萨、宗喀巴、十一面千手观音、罗汉等铜铸像，造型精美，风格接近尼泊尔和印度特色。寺内所藏文物有释迦也失从北京带回来的大藏经、明代织造的大慈法王克缂丝像以及各种佛像、唐卡、金银铜的法器和供器等。这些都是色拉寺最有价值的文物。
色拉寺的后山上有很多天然的岩窟，里面经常变换着从全藏各地来的僧人，他们在此苦修佛法。从后山穿过山径，可以到达色拉寺的护法神殿，里面有念经僧人每隔一定间隔的击鼓声。
色拉寺的宗教活动有12年一度的晒佛节。届时从藏区各地来的香客云集色拉寺后的山坡下，坡上有用木料搭成的巨大的晒佛架，佛架两旁的石壁上绘有色彩鲜艳的佛像，有释迦牟尼，度母宗喀巴，师徒三尊，也有各种护法神，尤其是色拉寺僧人绘制的大黑天玛哈噶拉像尤其著名。晒佛开始时，虔诚的佛徒和身穿红袈裟的僧人抬着20米宽40米长卷成的一巨型长龙涌向晒佛台上，在法师低沉的诵经声，法号的鸣声，焚桑燃放的青烟中，大佛唐卡被缓缓地展开。顿时，万首齐俯，人们沐浴在佛光恩泽中。他们纷纷把施舍的钱物抛向晒台底下的小佛龛边上，依次将前额靠近供奉金制释迦佛像佛龛的底边以祈求幸福。晒佛到中午时分结束，大佛在僧侣和众人的合作下卷起来，抬回寺院。众多的孩子在佛像长龙下钻来钻去，据说这样可以祈得幸福。