哲蚌寺占地25公顷，规模宏大，层次分明，仿若一座城镇。寺内主要建筑有措钦大殿、四个扎仓(意即学院)、50多个康村僧居和达赖喇嘛的宫殿噶丹颇章等建筑群。措钦大殿为寺内最大建筑物，可同时容纳六、七千名僧侣诵经。大殿由门厅、围廊、天井、经堂、佛殿及配殿等组成。大殿正中供奉着文殊菩萨和白伞盖像，殿堂中部有天窗。除殿门外，大殿四壁皆由配殿环绕，光线被殿内悬挂的经幡遮挡，因此大殿较为昏暗，这样可以显现出作为供品的酥油灯的灯光，天窗射入的光线形成道道光束，像征天界佛光，给整个大殿带来神秘但又充满生机的印象：大殿旁的配殿内安放着二、三、四世达赖的灵塔，里面供有两位达赖的骨灰；大殿二楼为甘珠拉康，是珍藏《甘珠尔》经典的地方，有《甘珠尔》、《丹珠尔》大藏经一百多部，还有宗喀巴三师徒所撰几百部佛教经典的手写本。三楼为强巴佛殿，殿内供奉著名的强巴佛铜像和哲蚌寺的主要法宝，宗喀巴赠给绛央却杰的右旋法螺。此殿是哲蚌寺最殊胜的地方，到哲蚌寺朝佛的香客必到强巴佛殿叩头还愿，每天都有成百上千人从大殿一层围廊排队，缘梯而上，极为虔诚地进入强巴佛殿供奉钱物，为供灯添加酥油。强巴佛殿的殿门上方悬一块汉文匾额，上书“穆隆元善”，这是清代驻藏大臣琦善于1846年所献。四楼是释迦牟尼佛殿；两旁有银塔13座。
噶丹颇章在寺内的西南部，意为极乐宫，是由二世达赖根敦嘉措主持修建。三世、四世达赖都住在这里，五世达赖在受清朝皇帝册封以前，一直住在这里，直至布达拉宫扩建竣工后，才移居布达拉宫。1642年，五世达赖得到固始汗的扶持，推翻噶玛王朝，建立噶丹颇章王朝，于是这里便一度成为西藏地方政权的中心。所以，历世达赖都以哲蚌寺为母寺。
寺内扎仓的规模超过其它寺庙，壁画很多，藏书丰富。
哲蚌寺在国内外都有重要影响，曾为西藏培养出大批佛学人才。仅是由三大寺推选出来的继承宗喀巴法座的噶丹法王96人中，一半左右出身于该寺。哲蚌寺与甘丹寺、色拉寺连称“拉萨三大寺”。