南澳岛上有不少历史遗迹。宋皇井便是其中之一。据史料记载，公元1279年，元朝大军南下，南未皇帝赵昌在宰相陆秀夫的扶持下，仓皇出逃，南逃至南澳岛上，驻扎在前澳山。当时他曾命令百姓前来澳前海滩上挖掘了三口井，一名“龙井”，一名“虎井”，一名“马槽”，当地百姓统称其为“宋皇井”。由于南澳岛上地震频繁，导致震后地面下降，使未皇井也随之沉陷于海中。只有当特大台风暴潮时，大量沙层被海浪卷走后，古井才出露原形。解放后，古井曾先后出露过三次。宋皇井每次出现的时间持续不长，很快又会被海水淹没，而且尽管水井位于海浪翻滚的沙滩上，井中喷出的泉水却十分清例甘甜，用来冲茶，味道甚好，当地人视为珍品。
宋皇井的变化隐现可能与潮汐周期有关。其井中的淡水为岛上的地下水通过井口流出而成。
南澳岛之岩石，由7000万年前火山喷发和岩浆侵入形成的流纹岩、花岗岩山峰组成，层峦叠峰，巍峨雄奇。尤其值得一提的是，南澳岛上地震十分频繁，这里是我国有地震记录最多、震级最大的地区之一。据记载，1918年曾发生一次破坏力极大的大地震，致使岛上“全属屋字，夷为赤地”，汕头“民房、商店、中外衙署，纪坍十之六、七”，广州市内“房屋轧轧有声，倒坍甚多”，“正在庆贺新年的香港居民，见公共建筑物、电话线摇动，多奔入街中”。相传那次地震之后，南澳岛之云澳悔湾海滨发生了大规模的沉陷，成为海洋，而南澳岛以北约15公里，仅一水之隔的海山岛和拓林湾一带，却有地壳上升的现象，形成了“沉南澳，浮海山”之说法。