影响透明度及水色的因子有：海水中的悬浮物质，浮游生物的含量，江河入海径流，天空中的云量，海水的涡动与混合，以及风、浪、流、潮等。
由于近岸海区悬浮物质、浮游生物的含量较高，又受大陆径流等影响，因此中国近海及毗邻海域的透明度（图 9）及水色分布的特点是：近岸低，外海高；浅海水色黄绿，深海深蓝；河口区水色浑浊，透明度最低。在陆架浅水区，低透明度所占据的范围大致与沿岸水团的位置相当；而在深水区，主要受暖流流系及外海水团所控制，具有水色高、透明度大的特色。整个中国近海自北往南，由近岸到外海，水色由浑浊逐渐过渡到清晰，透明度由小逐渐增大。除河口地区外，等透明度线分布趋势大致与海岸平行，外海与海流的主轴方向一致。由于长江、黄河携带大量泥沙入海，在长江口和黄河口附近，各自形成一个显著的低透明度或黄色的浑浊水舌。水舌方向分别指向济州岛和渤海中央，与上述地区低盐水舌的分布相似。
渤海因有黄河、海河、辽河及滦河等注入大量泥沙，温度又比较适宜，浮游生物丰富，是中国近海透明度最小、水色低的海区。近岸一带海水浑浊，多呈黄色，透明度小于 5米；尤其在黄河口附近，海水似泥浆水，透明度只有 1～2米，有时甚至不足半米。仅海区中央透明度稍大，在 10米左右，海水多呈绿色。
黄海的透明度大于渤海，沿岸多黄绿色，透明度一般小于 8米；黄海中央透明度稍大，约 10～15米，最大 20米。
东海的透明度及水色分布与渤、黄海不同，等透明度线分布呈东北—西南向（与海流、水系的分布有关）。大致以台湾—济州岛一线为界，把东海分为两个明显不同的透明度区。以西为低透明度区，一般为 3～15米，水色多呈绿色，尤其长江口附近水色最低，透明度不到 3米；以东为高透明度区，主要受黑潮及对马暖流影响，悬浮物质少，透明度较高，约 20～30米，水色呈蓝色。黑潮主干区透明度最大，高达 40米左右，海水呈深蓝色。台湾海峡及南海北部近岸的等透明度线分布趋势与海岸平行，也呈东北—西南向，透明度较低，在 5～15米之间，水色为黄绿色。
除珠江口、红河口及湄公河口附近为低透明度区外（透明度只有 3～10米），南海的透明度及水色都比较高，一般为 20～30米，水色呈蓝和深蓝色。南海透明度的分布特点是西部大陆沿岸低于东部岛屿沿岸，前者为绿色，透明度为 10～20米；后者为 20～30米，多呈深蓝色。造成这一现象的原因是由于西部大陆沿岸多源远流长的江河入海。在北纬 14～20°及东经 110～120°的范围内，水色深蓝，透明度 25～30米，最大 35米，为南海高透明度区。北部湾及暹罗湾的透明度为 5～20米，其分布趋势是由湾顶向湾口逐渐增大。
透明度及水色也存在着明显的季节变化，冬季海水冷却下沉，对流混合强烈；加之风大，浪大，水层不稳定，海水变浑，水色低，透明度小。夏季因海水增温，垂直稳定度增大，水色和透明度都比较高。至于河口地区，一般在江河入海径流小的枯水季节透明度较大；洪水时期则相反，水色、透明度均比较低。