本区多山，山地丘陵占土地总面积的70％以上。福建山地丘陵面积达80％以上。本区山地以低山丘陵为主，且以500m以下的丘陵分布最普遍。1000m以上的山地主要分布在闽西、粤北及琼中。台湾中部山地在3000m以上。
受区域地质构造的控制，大部分山脉呈北东—南西走向。主要山脉有福建境内的武夷山、鹫峰山、戴云山、博平岭；广东境内的南岭山地、莲花山、罗浮山、九连山、云开大山；海南岛的五指山、黎母岭等；台湾的中央山脉、阿里山脉等。这些山脉的走向大致与海岸线平行，而且与北方来的寒潮、南方来的暖湿气流、台风的来向直交，造成山地两侧气温、降水都有明显差异。
较大的平原有珠江三角洲、韩江三角洲、福州平原、漳州平原、兴化平原和台湾西部平原等。
由于山多平地少，耕地面积少，闽、粤、琼三省人均耕地只有0.042hm2，低于全国平均水平。人多地少的矛盾十分尖锐。随着经济发展和人口增加，这一矛盾将更加突出。以广东省为例， 1949年耕地保持在 275×104～279×104hm2左右，80年代以后逐年减少，90年代平均每年减少耕地 4×104hm2。1997年耕地减少到231.73×104hm2。耕地急剧减少的原因包括开发区占用，城建规模过大，房地产开发用地规模过大，农业结构调整（改挖鱼塘或改种果树等）以及部分弃耕等。