20世纪90年代以来，随着改革开放的进一步深入，工农业产品的产量有了较大增长，对外贸易高速发展，外贸结构也发生了新的变化，全国90%以上的外贸货物的运输通过沿海港口，沿海港口作为国民经济的基础设施，发挥了越来越重要的作用。目前，我国沿海港口已经逐渐形成煤炭、粮食、集装箱等现代化的运输系统。
──煤炭运输系统。通过对青岛、连云港、秦皇岛等港口码头的新建和改建，沿海港口煤炭装船能力达到12 000万吨，基本满足北煤南运下水能力的需要。与此同时，在华东、华南沿海安排建设了一批煤炭装卸码头，加上货主自建煤炭码头，使沿海港口煤炭装卸能力不平衡的矛盾有所缓解。
──粮食运输系统。建成了秦皇岛、连云港、上海港散粮进口专用码头，安排新建大连、营口散粮码头的建设，基本解决了进口粮食运输问题。
──集装箱运输系统。在大连、连云港、上海、宁波、深圳等主要沿海枢纽港建成集装箱专用泊位14个，不仅有效地支持了高速发展的对外贸易运输，也为进一步完善沿海港口集装箱运输系统打下基础。