与那国岛的面积只有28.96平方公里，是日本最西边有人居住的岛屿，西边距离我国的台湾省只有108公里，该岛长约11.3公里，最宽处4.2公里。与那国岛总人口大约有1706人（其中男性934人，女性772人，一共971户）。
与那国岛属于八重山群岛的一部分，该岛主要是由砂岩和页岩组成，与那国岛是远海中的一个孤岛，岛内大部分地区有陡峭的悬崖。岛的中部和南部地区分布着一些低矮的小山地和谷底，而在岛屿的北部则分布着一些平整的台地和平原地带。岛上最高峰是宇良部山，海拔231米。
岛上共有三个村庄：北侧是岛中心的Sonai村，西侧有渔港的Kubura村，南侧约有100人居住的Hikawa村边。
与那国岛的气候属于热带雨林气候，年平均气温为23.8°C，月平均气温从1月的18.4°C到7月的28.8°C。九月是最潮湿的月份，而七月是最干燥的月份。
1986年，当地潜水员在与那国岛最南端发现了一处引人注目的水下巨石群，这个巨石群长约100米、宽约60米、高约25米。形状酷似台阶、石柱等人工建筑物，俗称与那国纪念碑。有人认为这些石阶是古文明的遗迹，但是也有人认为是一种自然地质结构。