一是保护生物和遗传多样性。自然湿地遵循着自然演替规律，生态系统结构的复杂性和稳定性较高，生物物种十分丰富。许多自然湿地不但为水生动物、水生植物提供了优良的生存场所，也为多种珍稀濒危野生动物，特别是水禽提供了必需的栖息、迁徙、越冬和繁殖场所。可以说，没有保存完好的自然湿地，许多野生动物将无法完成其生命周期，湿地生物多样性将失去栖身之地。同时，自然湿地为许多物种保存了基因特性，使得许多野生生物能在不受干扰的情况下生存和繁衍。因此，湿地当之无愧地被称为“生物超市”和“物种基因库”。
二是减缓径流和蓄洪防旱。许多湿地地区是地势低洼地带，与河流相连，是天然的调节洪水的理想场所；湿地被围困或淤积后，这些功能会大受损失。1998年长江流域的特大洪水，就与湿地破坏有密切的关系。在干旱季节，湿地可将洪水期间容纳的水量向下游和周边地区排放，防旱功能十分明显。
三是固定二氧化碳和调节区域气候。湿地由于其特殊的生态特性，在植物生长、促淤造陆等生态过程中积累了大量的无机碳和有机碳，由于湿地环境中，微生物活动弱，土壤吸收和释放二氧化碳十分缓慢，形成了富含有机质的湿地土壤和泥炭层，起到了固定碳的作用。科学家研究，湿地固定了陆地生物圈35％的碳素，总量为770亿吨，是温带森林的5倍，单位面积的红树林沼泽湿地固定的碳是热带雨林的10倍。
四是降解污染和净化水质。湿地具有很强的降解污染的功能，许多自然湿地生长的湿地植物、微生物通过物理过滤、生物吸收和化学合成与分解等把人类排入湖泊、河流等湿地的有毒有害物质转化为无毒无害甚至有益的物质，如某些可以导致人类致癌的重金属和化工原料等，能被湿地吸收和转化，使湿地水体得到净化。湿地在降解污染和净化水质上的强大功能使其被誉为“地球之肾”。
五是防浪固岸、保卫国土安全。海浪、湖浪和河水等对沿岸地区构成巨大威胁，如果湿地没有保护好，这些因素对农田、鱼塘、盐田甚至村庄均会有不同程度的破坏。而湿地植被生长良好的地方，海浪的流速和冲击力都会减弱，使水中泥沙逐步沉淀形成新的陆地.