巴尔喀什湖地处哈萨克斯坦共和国的东部。在世界众多的湖泊中，它因湖水一半为咸一半是淡而独具特色。
巴尔喀什湖是一东西长南北窄的狭长形湖泊。湖泊中部有一半岛，半岛以北的湖峡（宽约3.5千米），把湖面分成了东西两部分。西半部广而浅，宽27千米～74千米，水深不超过11米，有伊犁河、卡拉塔尔河、阿克苏河、阿亚克兹河等河注入，湖水淡而清。东半部窄且深，宽10千米～20千米，水深25米，盐度较高。两湖之间有一狭窄的水道相连。
为什么巴尔喀什湖东咸西淡呢？巴尔喀什湖地处中亚腹地，气候极度干燥，蒸发旺盛，本应形成内陆咸水湖泊。但是特殊的地理条件，造就了该湖与众不同的特色。首先，发源于天山山脉的伊犁河自东向西注入巴尔喀什湖的西半部，提供了该湖75％～80％的入水量，加之其它较大河流的注入，使得西半部湖水，平均含盐量仅为1.48‰。而湖泊的东半部却没有大河注入，仅有数条小河注入，其蒸发量大大超过河水补给的数量，平均含盐量高达10.4‰。这是造成巴尔喀什湖东西两半部咸淡明显不同的根本原因。其次，巴尔喀什湖是一个东西狭长的湖泊。东西长约600千米，南北最窄处只有十几千米。这就影响了湖水水体的交换，东部的咸水和西部的淡水间无法很好的互相交流。这是巴尔喀什湖水东西两半部不同的又一个原因。
世界上的湖泊，各有风采。如神秘莫测的死海，湖泊之最的里海，富藏石油的马拉开波湖等等。巴尔喀什湖以咸淡各半的湖水向世人展示了其奇异的独有魅力。