1、总统理事会（1995年以前称卡塔赫纳协定委员会）：最高决策机构，确定该组织一体化进程的方向。每年召开1次会议。
2、外长理事会：由成员国外交部长组成，负责协调成员国的对外政策。每年至少举行2次会议。
3、总秘书处：取代原卡塔赫纳协定委员会，是安共体的执行机构，有权代表安共体同其他一体化组织对话。秘书长由各成员国外长选举产生，任期4年，最多可连任1届。秘书长任职期间，不得兼任它职，不得要求、接受任何国家政府和国际机构的指示；若犯有严重错误，经全体成员国同意可予撤换。
4、安共体委员会：由各成员国总统任命的全权代表组成。同外长理事会一同负责制定一体化政策，协调和监督该政策的落实，并可以召集其他各部部长举行扩大会议，研究制定有关部门政策。
5、安第斯议会：1979年10月25日成立，系安共体的咨询机构。由每个成员国议会各派5名议员组成，任期不得超过5年。每年召开1次例会，总部和常设秘书处设在哥伦比亚首都波哥大。2013年9月20日，安共体第37届外长理事会决定取消安第斯议会。有关决定将在各成员国议会批准后生效。
【主要活动】
2007年6月14日，安共体第17届首脑会议在玻利维亚塔里哈市举行，玻利维亚、哥伦比亚、厄瓜多尔、秘鲁和智利与会，会议共同签署了《塔里哈宣言》，包括正式宣布接纳智利为安共体联系国，宣布启动与欧盟的贸易谈判。
2008年10月14日，安共体特别首脑会议在厄瓜多尔的瓜亚基尔市举行，厄瓜多尔、秘鲁、玻利维亚三国元首及哥伦比亚外贸副部长与会，主要讨论了加强安第斯地区一体化、与欧盟开展贸易谈判等议题。
2010年2月5日，安共体四国外交部长和外贸部长通过了安第斯地区一体化进程指导方针及加强地区合作的战略议程。
2011年5月，安共体委员会决定加强对移民、人员和商品运输的统计工作，建立促进中小企业发展委员会等。
2011年8月，安共体成立文化和多元文化部长委员会，负责推进地区文化政策并对文化产业发展、文化遗产价值评估等提出建议。
2011年11月8日，安共体总统理事会特别会议在哥伦比亚首都波哥大召开，哥伦比亚、厄瓜多尔、玻利维亚和秘鲁四国元首出席，会议发表联合声明，表示安共体将继续致力于推进次区域一体化进程，加强共同体内部现有规则的执行，深化各成员国在能源、安全和环境保护等领域的合作。
2013年9月20日，安共体在利马举行第37届外长理事会，鉴于安第斯议会运行和维持经费高昂，为进一步提高组织运行效率，会议决定取消安第斯议会，并将未来安共体工作重点放在区内贸易一体化和人员流动等务实合作领域。有关决定将在各成员国议会批准后生效。