湖泊好似嵌在大地上的明珠，如果它与河流相通，也应属于该河流水系的一部分。长江中下游是中国著名的湖泊稠密区之一。江串湖，湖连河，江湖相依，好似瓜藤相接，这是长江与其他河流相比所具有的突出特点之一。通常所说的“五湖四海”中的五湖，即鄱阳湖、洞庭湖、太湖、洪泽湖和巢湖，都集中在长江中下游地区。长江中下游到底有多少个湖泊呢？据统计，仅湘、鄂、赣三省沿长江两岸，面积在百亩以上的湖泊就有1200多个，面积在200平方公里以上的也有18个之多。长江流域的湖泊总面积为22000多平方公里，其中中下游两岸约为21000平方公里，占97.8％。长江中下游众多的湖泊，虽然成因不尽相同，但它们都是与长江演变有关的河迹湖。
洞庭湖是中国第二大淡水湖，面积为2740平方公里。它接纳了湘、资、沅、澧四水，并且在长江涨水时，1/3的洪水先泄入湖内，然后在城陵矶再徐徐吐入长江，起到了“容纳四水，吞吐长江”的作用。据记载，1825年时，洞庭湖的面积约为6300平方公里，一向被认为是中国第一大淡水湖，但因长江平均每年输入洞庭湖的泥沙达1.79亿吨，“四水”输入的泥沙亦有0.35亿吨，而洞庭湖吐入长江的泥沙仅0.53亿吨。这样，每年平均约1.6亿吨泥沙沉积在湖内，如果把这些泥沙平铺在湖底，其厚度约4厘米，年复一年，洞庭湖越来越小，湖水越来越浅。再加上沿湖地区大量围垦，与湖争地，洞庭湖只好把第一大淡水湖的美名让给鄱阳湖了。
登上庐山，在晴空的早晨站在含鄱口向东远眺，但见烟波浩淼、水天一色，这就是著名的鄱阳湖。鄱阳湖的面积为3960平方公里，是中国第一大淡水湖。它像一只匍匐在地伸长了脖子，把嘴插入长江饮水的乌龟。鄱阳湖汇集了赣江等五条支流，在湖口县有一通道与长江相连。由于鄱阳湖的位置略高于长江，长江水位的变化对鄱阳湖虽有一定影响，但无大量江水倒灌，长江泥沙对它的影响也甚小。相反，鄱阳湖把“五水”带来的泥沙，大部分转送给长江。因此，鄱阳湖淤积的速度比洞庭湖慢得多，它终于取代了洞庭湖，成为中国第一大淡水湖。鄱阳湖对长江洪水的调节作用虽然不及洞庭湖，但它能拦蓄江西境内各河的洪水，减轻对长江的威胁。
巢湖在安徽省境内，面积为753平方公里，是中国第五大淡水湖，以形状似鸟巢而得名。巢湖上游有丰乐河等汇入，下游有运漕河与长江相通。
在长江三角洲平原上，南部有太湖湖群，包括太湖、淀山湖、阳澄湖、泻湖等，其中太湖最大；北部有洪泽湖群，包括洪泽湖、高邮湖、邵伯湖等，其中洪泽湖最大。
太湖面积为2292平方公里，是中国第三大淡水湖，它是长江三角洲发育过程中形成的滨海泻湖。由于长江等河流携带着大量泥沙注入东海，入海后因水流扩散，流速减慢，大量泥沙迅速沉积，在河口两表形成“八”字形沙嘴，两条河流的沙嘴相连，把原来的海滨与海洋隔开，从而形成泻湖。随着三角洲向外延伸，泻湖距海越来越远。泻湖中的水，原来是咸的海水，与海洋隔开后，海水不再侵入。相反，在泻湖周围的陆地上又发育了许多河流，河水不断汇入湖内，久而久之，湖中的咸水就变成为淡水。古太湖的范围很大，由于河
流带来的泥沙不断淤积，湖面不断缩小，并分割成现在的太湖、淀山湖等。太湖汇集了苕溪和荆溪的来水，通过黄浦江泄入长江。太湖对长江干流的洪水并无调节作用，但对减少太湖水系的洪水对上海的威胁来说，还是至关紧要的。
洪泽湖面积为1805平方公里，是中国第四大淡水湖。洪泽湖一带原为小湖群，地势低洼。只因1194年黄河改道，夺淮入海，入海河道不断淤高，淮河水无处排泄，积水而成洪泽湖。几百年来，湖底逐渐淤高，已成为高出周围地面的“悬湖”。洪泽湖群本应属淮河流域，由于这一带天然河道和人工河道密如蛛网，已把淮河、长江紧密地联系起来。尤其是黄河夺淮入海后，淮河大部分水量通过大运河等河流流入长江，因而洪泽湖群、甚至淮河，实际上都已成了长江的支流。
长江中下游众多的湖泊，是天然的水库，对长江干支流起着良好的调节作用。特别是在洪水期，大量洪水蓄存在湖内，大大削减了洪岭，到枯水期再慢慢放出，增加了长江水量，使洪旱灾害减少。