沼泽是地表水和地下水的过渡类型。一部分沼泽水停滞地表形成地表积水；另一部分水蓄贮于死亡的沼泽植物残体之中，形成壤中水。由于沼泽地表滞水和泥炭层（包括草根层）中充满大量水，故有人把沼泽称之为“蓄水库”或“生物蓄水池”。
沼泽地表滞水，处于停滞或微弱流动状态，有常年积水、季节积水和临时积水3种情况。这些水主要来自大气降水、地下水和河湖泛滥水。在少水或干旱季节里，地下水位降低，临时积水或季节积水消失，常年积水变浅；进入多水季节，河湖水泛滥，地下水位上升，沼泽地达到饱和，水分逐渐聚积起来，沼泽积水面积扩大。可见这个“蓄水库”一年四季水位是不断变化的。
许多沼泽中发育有小河和小湖。在沼泽形成之前就已存在的叫原生小河和小湖；而在沼泽形成之后发育的称之为次生小河和小湖。例如若尔盖高原沼泽区的纳垒曲就是典型的原生小河，河流比降小，流速缓慢。小河两岸和河底部植物丛生，形成浮毡，局部地方也覆盖整个水面，形成伏流。该区的阿细龙河河岸和河底均为泥炭层，流速缓慢，水位变化不大，这种小河是在沼泽形成之后，由于积水多、渗透差以及向源侵蚀等原因形成的次生小河。
中国沼泽中的小湖多为沼泽化以前形成的，即为原生小湖。如三江平原的芦清河泡子，新疆博斯腾湖西部湖滨沼泽中数十个小湖，若尔盖高原沼泽中的江错湖和错拉湖等均为原生沼泽小湖。这类湖泊一般较浅，湖底丛生各种沉水植物和浮水植物，有较厚的腐泥沉积，湖岸多已泥炭化，随着湖泊沼泽化的发育，泥炭层增厚，湖水面缩小，甚至分裂成数个小湖。中国多为富营养沼泽，大面积的贫营养沼泽很少，因此尚未发现次生小湖。沼泽小湖和小河，是沼泽“蓄水库”中较为稳定的水体。
泥炭层或草根层是这一巨大“蓄水库”的地下蓄水池。其中所含的水以重力水、毛管水、薄膜水、渗透水和化合水等状态贮存于沼泽体内。重力水在重力作用下，可沿着斜坡流入排水沟，也可在沼泽表面形成湖泊和小河。当冰雪融化，大雨或河湖泛滥后，常出现明水，长时间或临时积于沼泽表面，形成各种形式的水文网。毛管水、薄膜水、渗透水和化合水都受分子力作用，不会自行从泥炭或草根层中流出，除毛管水和部分薄膜水可由植物根吸收并由植物枝叶散发和自然蒸发外，其他类型水都必须采取特殊方法，才能从泥炭层或草根层中除掉。
沼泽巨大的蓄水能力，与沼泽中草根层和泥炭层的特殊水文物理特性有关。因为沼泽土壤，特别是泥炭沼泽有巨大的持水能力。草根层较厚的潜育沼泽，持水能力多为200～400％；泥炭沼泽较强，其中草本泥炭在400～800％，藓类泥炭一般大于1000％。随着灰分含量和分解程度的增强，持水能力减弱。如低灰分、弱分解的藓类泥炭，具有较高的持水能力，它能保持大于本身绝对干重15～20倍的水量；灰分中等，中分解或强分解的草本和草木-藓类泥炭，它能保持大于本身重量3～9倍的水量。另外，沼泽底部的泥炭层或潜育层透水性弱，常常形成隔水层，使沼泽水不易下渗，得以蓄存，是形成“蓄水库”的基础。水在泥炭层中自表面向下渗透逐渐减弱。上部草根层的渗透系数平均在1～10厘米/秒，分解较弱的藓类泥炭可达20厘米/秒，而下部泥炭层的渗透系数在0.001厘米/秒以下。泥炭的渗透能力随分解程度的增强和灰分含量的增高而减弱。中国泥炭灰分含量较高，沼泽具有明显的潜育层，大部由粘土和亚粘土组成，渗透弱，形成天然的隔水层，致使沼泽中长期贮存大量水分。