两湖的湖盆均为碟形洼地，除入湖河口外，岸坡都较陡，但湖底相当平坦。沿湖山梁和湖中岛屿，断层痕迹清晰可见，显示出湖盆是由断裂构造作用所产生的。由扁平状砾石所组成的天然堤，高出湖面约5～6米。天然堤在迎湖的一面较陡，背湖的一面坡度较缓，堤外则是一些小的洼地。这些洼地，有的仍蓄积着水而成为札陵湖和鄂陵湖的子湖，只是因发展阶段的差异，有的是咸水，有的还是淡水，有的则干涸而成碱滩。显然，这些子湖是由于天然堤形成后，将原来的湖湾封堵而成的。由这些洼地再向外，还可见到高出湖面更高的天然堤和洼地。这种天然堤和洼地相间的地貌形态，记载了札陵湖和鄂陵湖长期演变的历史，也是湖泊逐渐缩小的见证。
札陵湖和鄂陵湖的鱼类区系组成比较单纯，考察所见的鱼类仅有9种。而构成两湖鱼类资源的只有极边咽齿鱼和花斑裸鲤两种，个体重多在1斤左右，大者2～3斤。两湖因地处藏民游牧区，人口稀少，平均每平方公里不足1人，而藏民以往视鱼为神，素有不吃鱼的习惯，所以在漫长的历史时期，两湖无渔业可言。1960～1962年，青海省有关部门曾在此建过季节性渔场，捕鱼2 000余吨，后因渔货销售路途遥远，交通不便，保鲜不易，成本又高而停办。
两湖的鱼类由于长期处于自生自灭状态，不仅鱼群的密度大，且不惧人。近岸嬉游的鱼群，当人们接近时仍畅游不去；若投以石子，鱼群非但不惊散，反而会向石子落水之处聚集，所以网捕和垂钓极易。今后随着当地生产的发展和交通条件的改善，两湖原始的鱼藏无疑将会得到开发。但是，两湖地处高寒环境，极边咽齿鱼和花斑裸鲤的生长速度是相当缓慢的，每增长1斤的体重约需10年时间，且性成熟迟缓，繁殖力低，在开发时对于捕捞的强度和网目的大小应作适当控制，以利其生长繁殖和鱼产的相对稳定。
在两湖的岛屿上，均有鱼鸥、棕头鸥、鸬鹚、赤麻鸭等栖息。尤其是札陵湖北部和鄂陵湖南部的两个无名小岛上，栖息的候鸟最多，这两个岛屿过去从无人攀登，目前仍保持着原始的生态环境，是研究候鸟生态的理想之地。