湖泊中蓄积的淡水是工农业生产以及居民生活用水的重要水源之一。随着生产的不断发展，对淡水的社会需要量会日益增加，如建设一个100万千瓦的大型火力发电站，每天所需要的循环冷却水量就达340万立方米。现在，火力发电厂、化工厂等厂矿企业有不少是建立在湖滨，以湖水作为水源。中国淡水湖泊的水质目前仍保持着矿化度低、硬度小和溶解氧丰富等良好的水质条件，能适宜工农业给水和生活饮水的需要。但是如果处置不当，将含有有害物质的工业废水、废渣倾注于湖中，或受农药污染的灌溉尾水泄入湖内，就有可能造成湖泊污染，从而失去宝贵的淡水资源，危及湖泊生态，破坏水产资源，并影响广大群众的身体健康。
现在，有些淡水湖泊已出现不同程度的污染。例如江苏的洪泽湖，每天接纳来自上游城镇约60余万吨工业废水和生活污水，1976～1977年对局部水域进行的检测表明，酚的检出范围为0.002～0.009毫克/升，检出率为2.0～33.3％；汞为0.001～0.003毫克/升，检出率为14.0～87.5％。酚和汞的含量均已超过国家规定的饮用水标准（国家规定的饮用水内酚和汞的标准含量分别在0.002毫克/升及0.001毫克/升以下）。由于湖水受到一定程度的污染，从1965年以后，局部水域死鱼现象屡有发生。太湖局部水域的色度、氨氮含量和耗氧量有超标的现象，阳澄湖湖水氨氮水负荷量平均每平方公里为1.2公斤，磷为0.6公斤。安徽省的巢湖，每天由合肥、巢县等城镇排入湖内的有害的工业废水和生活污水达50吨左右，滨湖农田使用的剧毒高残农药亦随地表径流排入湖内，致使巢湖及其水系受到一定程度的污染。据检测，其上游南肥河有60％的水样，氰化物和汞的含量均有超标的现象。湖内部分水域汞的含量超过国家标准，由于湖泊水域受到一定程度的污染，使渔业资源发生了显著变化。20世纪60年代初期调查时，湖中栖息的鱼类有90余种，70年代初再次调查时只有62种。再如云南省的滇池，由于受到工农业污水的影响，在部分监测的水样中亦能检验出酚、氰、砷、铅及氟等有毒物质。
治理受污染的湖泊，有很多方法。在国外常采用疏浚法和人工曝气法。疏浚法就是利用疏浚机械将湖底受污染的沉积物挖去，并运往它处妥善处置，以达疏浚湖底、净化湖泊水质之目的。瑞典的特鲁曼湖就是通过疏浚工程获得了良好的效果。按照湖沼学家们的意见精心设计的吸泥泵，把该湖受污染的淤泥（沉积物）从湖底吸上来，先输送到岸上淤泥处理厂的沉淀池，将附随的水量分离出来。分离出来的水再抽至凝集沉淀池，用混凝剂进行处理净化后再排入湖内。经脱水处理后的淤泥多用于筑坝或建造作为水鸟栖息场所的人工岛屿，干燥后的淤泥亦可用于公园、园艺及温室等的肥料，所得的资金作为滨湖绿化和公园维修的费用。疏浚后的特鲁曼湖水质获得了改善，溶解氧含量增高，蓝藻大为减少，适宜养殖、游泳和其它各种娱乐活动。
人工曝气法，一般是在切断外来污染源的情况下，在湖岸上用压缩机将空气或氧气通过曝气装置输入湖中，或者用水泵将液氧输送到湖底，使底层湖水含氧量丰富，加速湖底生物残体的分解，起到控制湖泊污染，恢复生态平衡的目的。这种方法一般只适用于深水湖。如美国纽约市北郊的瓦卡布克湖，水深40余米。在进行人工曝气以前，大量的有机物沉积于湖底，因而耗尽了底层湖水中的氧，底泥中的磷、硫化氢、铁、锰等物质也由此而逸入水中，使水质进一步恶化。栖息于深水层中的冷水性鱼类如鳟鱼等，因吸不到氧而逃往上层，但上层湖水温度高，又不适宜其生存，在这种情况下，鳟鱼不是闷死在底层就是热死在上层。1973年在瓦卡布克湖进行人工曝气后，水质获得了改善，生态环境发生了显著变化。在人工曝气一个月以后，就可以在湖中养殖鳟鱼了。
中国也有治理好的受污染的湖泊，如湖北省鄂城县的鸭儿湖就是其中一例。该湖原有面积60平方公里，水深2米左右，盛产鱼、虾、藕；滨湖良田沃野，生产稻米、棉花，是湖北省的“鱼米之乡”。但自从武汉葛店化工厂等相继建成后，每天有8～10万吨含有六六六、对硫磷、马拉硫磷、乐果等农药废水排入湖中，酿成湖泊的严重污染。大量鱼类畸形、死亡，鸭儿湖几乎由一个渔业高产湖变成了荒湖、废湖，被迫停止了放养鱼类，湖区人民群众的健康也受到一定的影响。为了治理该湖的污染，1976年兴建了氧化塘，处理农药废水，取得了良好的效果。氧化塘法处理废水是一项综合性的生物治理措施。其原理是利用水体中的细菌来分解废水中的有机质，形成稳定的无机氮、磷化合物和二氧化碳，而细菌生活所必需的氧则由藻类的光合作用来提供；同时藻类又利用细菌分解的产物来作为自身生长繁殖的营养物质。氧化塘法就是利用这种“菌藻共生系统”达到了净化水质的目的。它与上述的人工曝气法相比，其主要优点在于所利用的能量来自阳光，不需要机械曝气装置。自从氧化塘运转以来，鸭儿湖水质逐步得到了改善，至1979年，湖内大型水生植物已恢复到污染前的繁茂景象，一度消失的鲂鱼、鳡鱼、鳤鱼和虾又开始出现，鱼体健壮、正常。荒废多年的鸭儿湖又有了渔业生产，试养的成鱼亩产达到150斤左右。