湖泊污染的防止与治理，是同一问题的两个方面，应密切结合，不能偏废。因此，在治理的同时，要切实加强管理，防止污染继续扩散，是十分必要的。含有汞、砷、酚、六六六等各种工业废水未经净化处理的均不得排入湖内，违者应实行经济制栽，引起严重后果者还应追究法律责任。此外，对于城镇排放的生活污水，要提倡综合利用，城镇郊区可进行污水灌溉，利用土壤的净化作用来消除生活污水对湖泊、河流的污染，可兼收肥田与保护环境之效。湖泊污染问题，只要予以重视，认真对待，是可以防治和免受其害的。
湖泊水资源在地区上与时间上分布的不平衡性，也影响到水资源的合理利用。中国地处东亚季风区，降水量主要集中在每年的6～9月，此时也是湖泊与河流的汛期。由于湖泊的蓄水量有限，汛期众多的水量未被利用就白白地流走，仅洪泽湖、洞庭湖和鄱阳湖每年汛期就有1500余亿立方米的水量被排出湖外。而冬、春农田灌溉用水的季节，又正是湖泊的枯水期，水源不足影响到农田灌溉、交通航运和水产养殖等事业的发展。湖泊水资源在地区上的分布也是很不均匀的。
为了改善水资源在时间上与地区上分布的不平衡，解放后进行了大规模的水利建设。月亮泡、白洋淀、南四湖、洪泽湖、洪湖、洱海等许多大、中型湖泊已建闸筑坝，这些湖已由天然湖泊转为受人工控制的湖泊型水库，增加了湖泊的容蓄量，提高了水资源的利用率。此外，在湖泊及河流的上游，还兴建了大、中、小型水库86000座，增加地表水蓄量4000亿立方米左右。随着四化建设的发展，对淡水的社会需要量将不断增加。采取工程措施来改变水资源分布的不平衡状况，将是提高水资源利用率的重要途径。