中国湖泊的成因是多种多样的。由于地壳运动引起的地壳断陷、拗陷、沉陷所形成的构造盆地，经潴水而成为湖泊，通常称为构造湖。构造湖在中国的分布很广，一些大中型湖泊多属于这一类型。由于火山喷发，喷火口积水成湖，称为火山口湖，或因火山喷发的熔岩壅塞河床，抬高水位而成的湖泊，称为火山堰塞湖，此类湖泊在中国东北地区分布较多。由于冰川的挖蚀作用和冰砾泥的堆积堵塞作用而形成的湖泊，称为冰川湖，主要分布在中国西南、西北冰川比较发育的高海拔地区。由易溶性碳酸盐类岩层的溶蚀洼地积水而成的湖，叫喀斯特湖，在中国喀斯特地貌发育的西南地区比较常见。沙漠地区的沙丘受定向风吹蚀成的丘间洼地，被潜水汇聚成的风成湖，多以小型时令湖的形式出现，集中分布在中国沙漠或沙地地区。沿海平原洼地由于沿岸流所挟带的泥沙不断淤积，海湾被沙嘴封闭而形成的潟湖，多分布在中国沿海平原低地。此外亦有因河道的横向摆动而残留的河迹湖，或随河流天然堤而伴生的堤间湖等，这类湖泊大多分布在中国大江大河沿岸排水不良的低地。然而中国不少湖泊的成因具有混成的特点。例如长江中下游的五大淡水湖，其湖盆的形成与地质构造有关，但又与江河、海洋的作用有联系。这些湖泊之所以还保留一定的面积，还与新构造运动的活跃以及沿袭老构造运动的性质等分不开，否则，位于多沙性河流沿岸的湖泊早已变为历史的陈迹了。又如云南湖泊虽属构造类型，但碳酸盐类地层的溶蚀对湖泊的形成和发育也起着明显的作用。
1.构造湖
中国的构造湖，主要分布在下列地区：
云南高原的湖泊，与地质构造的因素有关，除异龙湖和杞麓湖位于滇东山字型构造的弧顶，受东西向断裂控制，湖泊长轴作东西向延伸外，其余的湖泊大多受南北向断裂的影响，均呈南北向条带状分布。滇东的湖泊带，是由于地面断裂系统的强烈发育，形成了许多地堑式断陷盆地和断陷湖泊，如滇池、抚仙湖、阳宗海、杞麓湖和杨林湖等，都是在断陷盆地基础上发育成的构造湖。这些断陷湖泊都保留有明显的断层陡崖，附近常有涌泉或温泉出露，沿断层两侧的垂直差异运动至今未曾停息。在纵贯全区的大断裂系统上，曾发生过多次比较强烈的破坏性地震，新构造运动对湖盆的发育仍起着一定的影响。位于元江大断裂带附近的洱海、剑湖、茈碧湖等，新构造运动的迹象也颇明显，断层两盘间——点苍山与洱海仍有相对的升降，形成地形上的强烈切割。金沙江以北的程海，川滇界上的泸沽湖和川西的邛海，也都是地壳断陷而成的湖泊。
分布在柴达木盆地中的众多湖泊，大多位于构造盆地的最低洼处，这些湖泊都是第三纪柴达木古巨泊的构造残留湖。盆地东缘的青海湖原是个向斜构造，后因东部发生断块上升而成为内陆湖泊。札陵湖和鄂陵湖是因巴颜喀拉山褶皱隆起，并受到北北东、北西西和北东向几组断裂的影响而形成的构造湖。
西藏高原盆地众多，湖泊星罗棋布，那些近东西向、北西向和北东向的纵形谷地的谷底洼地，每有纵向延伸的湖泊带分布。湖泊长轴走向与构造线基本吻合，说明湖盆的形成受区域构造线的控制比较明显。这些湖盆的起源可追溯到第三纪。它们都是在第三纪喜马拉雅运动中由构造断陷作用所形成的。如色林错就是在早第三纪始新世晚期（大约在5 400万年前）第一期喜马拉雅运动活跃时形成，并延续至今的残留湖泊，因此湖盆有巨厚的下第三系、上第三系和第四系的沉积。而其余的湖盆目前只发现上新统（大约在900万年前）的沉积，可能是在中新世中晚期（大约在2 600万年到900万年前）第二期喜马拉雅运动期间形成。此外，分布于滨湖的断层三角面，在一些湖泊中至今仍清晰可见。
内蒙古的呼伦池、岱海、黄旗海、安固里淖和查干诺尔均属于构造湖。新疆的赛里木湖、艾比湖、乌伦古湖和博斯腾湖等，也都是在断陷盆地基础上发育而成的内陆湖泊。
长江中下游所分布的洞庭湖、鄱阳湖和巢湖等，因位于大地构造单元的转折地带，所以受构造差异运动和新构造运动的影响显著；但湖盆轮廓不及山间断陷盆地的湖泊明显，它往往是断层构造截断山系而形成的湖泊，一般与南北向断裂构造活动的关系密切。
此外，位于山西地台南缘、渭河地堑东段的运城解池，它是由中条山北麓及峨眉台地南缘两条平行断裂形成的地堑式构造湖。中俄国境上的兴凯湖，是远东最大的淡水湖，它亦是在第三纪地壳陷落基础上形成的湖泊。