本区入湖河流带来大量泥沙不断在湖内沉积，使湖盆日渐淤高，湖面日益缩小，日久使历史上的一些古湖泊淤为平陆。洞庭湖曾号称为“八百里洞庭”，是中国面积最大的一个淡水湖，然而在近数十年内，却变成为一个支离破碎的湖泊，面积已大大缩小。本区内还有不少湖泊已被泥沙淤积或为人类垦殖而消失；特别是近10余年来的盲目围垦，已使一些湖泊日益丧失其调节江河水量的作用，湖泊自然资源及其生态环境，受到不同程度的影响和破坏。
2.青藏高原湖区
青藏高原上的湖泊，总面积达37 487平方公里，约占全国湖泊总面积的50.5％，它是地球上海拔最高，数量最多和面积最大的内陆高原湖群（图3），也是中国湖泊分布密集的地区之一。这里的湖泊以咸水湖和盐湖为主，湖水深度一般较大，冬季结冰期亦长。湖泊大多集中分布在藏北高原和柴达木盆地与其周围干旱闭流的高原腹地，往往成为内陆水系的尾闾或汇水中心的内陆湖泊。这些湖泊大多发育在一些平行山脉间的大小不等的山间盆地和纵形谷地之中，一些大中型湖泊都是在构造断裂带的基础上发育而成的，湖泊往往沿构造方向呈带状排列，只有图3 青藏高原湖泊分布示意图少数冰川湖或堰塞湖分布在山地或峡谷地区。
由于青藏高原气候寒冷而干燥，湖泊受高山冰雪融水的补给，水量一般较少，湖泊沿岸带残留的多道古湖岸线遗迹，说明了近期湖泊的变迁是处在普遍退缩之中，由一些古代巨湖衍生出来的小湖，多以时令湖或盐湖的形式出现。由于入湖径流带来的盐分不断累积，使水质日趋盐化，湖水含盐量一般较高。据调查，本区约有20～30％以上的湖泊已发展到盐湖或干盐湖的阶段。
在青海省南部的黄河上游，构造盆地宽阔平坦，有不少湖泊分布，其中有著名的札陵、鄂陵二湖，是青藏高原上最大的淡水湖，也是黄河流域仅有的两个大型湖泊。青藏高原东部的三江源地，由于地处中国大江大河的发源地，地面排水条件良好，是本区湖泊分布最少的地区。
3.蒙新高原湖区
蒙新高原湖泊的总面积为91 06平方公里，约占全国湖泊总面积的12.2％，蒙新高原由于地处内陆，远离海洋，气候干旱，降水稀少，但河流与潜水易向江水洼地的中心积聚，所以亦能发育众多的湖泊。大型湖泊常常成为彼此孤立的内陆盆地水系的最后归宿，成为汇水中心或河流的尾闾。由于蒸发量超过湖水的补给量，湖水不断浓缩，遂发育成闭流性的咸水湖或盐湖。随着补给水量的增减，湖泊的水面时大时小，湖形亦多变。
发育在沙漠地区的风成湖，具有面积小、湖水浅、补给水量少、湖水易浓缩等特点，这些小型湖泊常随水源的多少而变化，雨季成湖，旱季干涸，而盛产盐、碱、芒硝和石膏等化工原料。
4.东北平原--山地湖区
东北的湖泊总面积为3 952平方公里，约占全国湖泊总面积的5.4％，湖区地处中国温带湿润、半湿润季风气候带，夏季短而凉爽，入湖水量比较丰富：冬季长而寒冷，湖水结冰期较长。由于湖底沉积物含有机质和腐殖质，湖水营养元素含量极为丰富。湖泊具有灌溉、航运、发电和发展水产等多种效益。
本区湖泊大多受火山活动的影响，如牡丹江上游的镜泊湖，德都县的五大连池和长白山地区的白头山天池等，都属于这一类型的湖泊。此外在大片沼泽湿地上，亦点缀着一些大小不等的湖泊，当地称为泡或咸泡子，如连环泡、龙虎泡、大麻苏泡和月亮泡等，此类湖泊均较浅，含盐量较高，但也有个别湖泊由于补给水源的中断，而变成时令湖或干涸消亡。
5.云贵高原湖区
云贵高原湖泊的总面积为1077平方公里，约占全国湖泊总面积的1.4％，这些湖泊主要分布在滇中和滇西地区，以中小型淡水湖泊为主。云贵高原的湖泊湖水含盐量不高，湖深水清，冬季不结冰，并以风景佳丽而闻名。区内湖泊分属金沙江、南盘江和澜沧江水系。湖泊除蕴藏着丰富的水力资源外，还兼有灌溉、供水、航运和发展水产之利。
本区的湖泊多沿褶皱断裂构造方向排列，湖盆长轴与深大断裂带走向基本一致，多为构造湖。此外，碳酸盐类岩层经水的溶蚀后，对湖盆的发育也起着辅助作用。因此，位于喀斯特地貌发育地区的湖泊，湖水常靠地下暗河的补给或排泄。云贵地区由于近期新构造运动仍较强烈，破坏性地震能促使一些湖盆加深；岸线抬升的现象在不少湖泊也颇为明显，反映出湖泊在近期具有西升东降的趋势。