本区降水丰沛，多年平均降水量为6654×108m3，占全国多年平均降水量的10.75％。江河水系众多，地表径流量大，水资源丰富，是全国径流深最大的地区。年平均径流一般在1000mm以上，山地径流超过1200mm，海南岛中部山区达1900mm。
据计算，全区水资源总量3966.2×108m3，其中地表水资源量3906×108m3，地下水资源量991×108m3，重复计算水资源量930.3×108m3。
本区水系多为山地型河流，河川径流主要依靠雨水补给，因而径流特征与降水特征基本一致。水资源的特点是：
（1）单位面积水资源量居全国首位，闽、台诸河为 21.6×104m3/km2，其中台湾诸河高达 184.57×104m3/km2，是全国最高者。
2）河川径流量的年际变化小，沿海河川径流变差系数Cv值都在0.4以下，东江博罗站在珠江流域中Cv值最高，为0.35，河川径流年际变化不大，对水资源的利用十分有利。
3）径流的年内变化较大，沿海地区降水年内分配完全受季风的控制。每年3～5月，夏季风带来前汛期的降雨。夏秋季受台风等影响，降水量增加，为主汛期。一般4～ 8月径流量占年径流量的55％～70％。
4）河流含沙量小，山区河道坡陡流急。含沙量普遍为 1～5kg/m3。珠江流域各河平均含沙量为0.32kg/m3。河流含沙量小，既可以延长水库的寿命，又可减少供水中处理泥沙的成本。
5）水资源的空间分布不均衡，如粤东沿海地区产水量为126×104m3/km2，而西江下游仅82×104m3km2，韩江为89×104m3/km2。降水和径流的时空分配不均匀，洪涝和干旱经常威胁农业生产。有些岛屿淡水资源奇缺，成为发展经济和人民生活的限制因素，需兴建引水工程调水。
本区水力资源也很丰富。广东、海南、福建三省水力资源理论蕴藏量为2218.3×104kW，可装机容量1447.7×104kW。山区小水电的开发潜力很大，可望开发以缓解山区用电紧张状况。