（四）科学分类，区别对待
目前中国的自然保护区概念比较笼统，没有根据保护的对象和目的的不同，进行细致的分类，并采取相应的管理措施。而世界各国各有自己的分类系统和名称。世界自然保护联盟（IUCN）于1978 和1979 年在有关著作中，也力图把形形色色的表示保护区名称的术语加以统一，并根据其保护的目的提出管理的基本方针。为了建立起适合中国国情的自然保护区分类系统，我们参考了国际上现行的一些自然保护区分类系统，并结合中国的实际，提出如下的分类方案。
（1）科学保护区（绝对保护区）：是在某些具有特殊的生态系统或具有国家意义的动植物种类的地区，选择未受人类干扰和外界自然因素影响的地区建立的保护区。其目的在于保持天然生态系统及其所含的遗传资源，并供科研和监测之用。保护区的面积取决于保持生态系统和科研的要求，这些地区一般不允许游人通行和开展旅游事业。这类保护重点在于保持其自然状态下的特点。在没有人类干扰下发生的某些天然突变过程，如天然火灾、自然演变、病虫害、暴风和地震等作用，对生态系统带来的影响不妨碍其保护价值。
（2）国家公园：地貌特征、立地条件、动植物品种和生态系统，具有特殊的科学、教育和观赏意义。这种保护区通常包括面积较大的土地或水域，它包括1 个以上未受人类开发和其它影响的生态系统。这种自然保护区应在人工的管理和控制下保持其自然和半自然状态。到这里来参观的人们应有特定的宣传、教育、文化和户外娱乐的目的才允许进入公园。有些面积较大的自然保护区也可以划分成科学保护区与游览区两部分。不论在何种情况下，在保护区内开展旅游活动必须加以严格控制，不允许因旅游事业破坏被保护的对象。
（3）天然风景区或博物馆：包括一些特殊的瀑布、岩洞、火山口、沙丘以及独特的动植物，它们在风景、科学、教育和宣传方面具有一定的价值，需要加以保护。这种保护区通常不像国家公园那样有很大的面积，也不要求具有多样性或代表性的生态系统。它经常是包括一个或几个具有自然特色的地质剖面，独特的生境或动植物品种。这些地区对于公共教育和欣赏方面具有一定的潜力。这类保护区中可以有控制的开展旅游。
（4）人工维持的自然保护区：某些自然保护区一定需要适当的人工干涉才能保持。例如为了保持某些非顶极阶段的植物群落的景观，需要进行人工抚育，创造优良的环境条件；某些珍稀动物的生存也需特殊的管理和维护。例如为了保证某些野生动物的生存，使水鸟越冬，需要为它们提供必要的食料，并创造适宜的栖息环境；对于某些受威胁的动物来说，需要抑制捕食它们的动物，为了保证某些珍贵的孑遗植物的繁衍，要为它们的更新和生长创造条件。这种保护区的面积大小变化很大，对这类保护区的管理以给动植物种和生物群落创造最优越的生存条件为目标。
（5）土地利用景观保护区：是用来保护传统的、成功的土地利用方式而设立的自然保护区。要求这种土地利用方式能保持永续性，保持生态系统的多样性，并具有风景和观赏的价值。
（6）资源保护区：尽管自然资源的开发利用正在迅速增长，但在边远地区仍然有大面积没有人口定居的地方（如高山、高原、荒漠等地区）。这类土地在生态平衡方面具有很大的脆弱性，需要加以保护，以避免发生无计划的、单一的、短期的经济利用。这样的利用方式可能使资源受到破坏，并失去长期经济效益。为此，在充分确定最优化利用方案前，要禁止利用这类土地。
（7）综合利用保护区：这是一种既可以保护自然资源系统，又能对国家的经济和人民的物质需要作出一定贡献的保护地。这种土地的多种功能，可能持续地提供一定数量的产品，并且能在正确的管理下发挥保护的效益。例如水源涵养林，既要突出其涵养水源的目的，也可以提供一定数量的木材或野生生物，并可以适当进行放牧和供旅游之用，这类保护地的等级较低，通常不属于国家一级保护范畴。
除此以外，还有一些国际组织的保护区，它们往往是上述保护区的一种，但是同时具备该国际组织对保护区所要求的条件，并在该国际组织进行登记，从而具有双重身份。例如，中国的长白山、卧龙、鼎湖山、梵净山、福建武夷山、锡林郭勒草原、博格达峰和神农架8 个自然保护区具备了联合国教科文组织“人与生物圈”的保护区所要求的条件，被接受参加了该国际组织的保护区。因此，这8 个保护区使具有双重身份。