到目前为止，尽管对印度洋的自然资源还研究得不够，但已知某些自然资源是相当丰富的。波斯湾的石油和天然气的储量和产量都是世界驰名的。
据估计，波斯湾海底石油储量为12×109t，天然气储量达7.1×1011m3。现在波斯湾海底发现30个油田，其中沙特阿拉伯萨法尼亚油田是世界最大的海底油田。波斯湾的海底油、气产量也很大，每年采油在2×108t左右，而天然气开采量达5×1010m3以上。除波斯湾外，沿澳大利亚西北部和南部的大陆架上、孟加拉湾和阿拉伯海、非洲东部沿海以及马达加斯加岛周围，都有相当多的石油和天然气的储藏。至于金属矿藏，也以锰结核最为重要。印度洋的锰结核，往往分布在深达4000—5000m的深海盆底，其中储量较大的是南澳海盆、西澳海盆和中印度洋海盆。在印度洋中的锰结核直径一般3—5cm，大的达8—12cm，用海底照片估算其重量约可达40—50kg/m2。在非洲南端的厄加勒斯海台发现有巨大的磷灰石矿床。在印度半岛近海、斯里兰卡周围、莫桑比克海峡、南部非洲东侧大陆架区域、以及澳大利亚西海岸的海滨砂和海岸沙丘中发现有相当数量的重砂矿。在六十年代中期，曾于红海发现含多种金属的软泥。它们产生在21°—22°N的现代海底上约20000m的几个深海中，上覆有一层高温度（60.1℃）和高盐度（326.5‰）的底层海水。金属软泥中含有氧化物、碳酸盐和硫化物。这些金属析出的平均含量是：铁29％、铜1.3％、铅0.1％，以及54g/t的银和大约0.5g/t的金。甚至有些软泥层中锌的富集度可高达8.9％，而铜可达3.6％。这种金属软泥的形成，可能与大洋盆形成早期阶段，沿断裂带上升热液金属组分的沉淀作用有关。《阿特兰蒂斯Ⅱ》深洼的含金属软泥是红海中最典型的代表，也是目前世界上已发现的具有重要经济价值的含金属沉积物矿藏。沉积层自上而下大致可分为四层：顶部有10—5m的黑色细粒沉积物，主要是一些粘土和氧化铁、铁蒙脱石矿物，含有少量闪锌矿、针铁矿和菱锰矿；第二层为针铁矿层，厚2—10m，为橙黄至黄色中、细粒沉积物，主要由4—30×10-6m的针铁矿小球粒和非晶质的褐铁矿组成，也含有少量赤铁矿和黄铁矿。此层氧化铁的含量高达64.2％；第三层是金属硫化物沉积，是一种黑色细粒沉积物，含有丰富的铁闪锌矿、黄铁矿和黄铜矿等金属硫化物矿物，连续成层的铺在海底，有时还含有硬石膏和重晶石。该层厚1m以上，铜和锌的含量特别高，平均含氧化铜4.5％，氧化锌12.2％，是主要含金属层；第四层是碳酸盐沉积物。仅《阿特兰蒂斯Ⅱ》深洼上部10m厚的含金属沉积物，就储有锌290×104t，铜109×104t，银4500t，金45t。这些金属储量的规模远比大陆上已找到的大型矿床的储量为大①。另外，在印度洋近大陆的大陆架上，储有大量供建筑材料用的砂、砾和牡蛎壳，目前虽未大规模开采，但随着沿海建筑业的发展，将会逐步对其大量利用的。
印度洋的生物资源不算很丰富，目前捕捞量相当少，如捕鱼总量每年仅250×104t左右，尚不及金世界海洋捕鱼总量的5％。在印度洋中，目前以印度半岛沿海捕鱼量居第一位，在这里主要捕鲭鱼、沙丁鱼、鲨鱼和比目鱼。非洲南岸居第二位，这里除捕捞上述鱼类外，还捕捞黑点石首鱼、金枪鱼、飞鱼、小平头鱼，以及海龟、沙噀等。在印度洋南部亚寒带和寒带水域有丰富的浮游生物，夏季招来大批鲸，一些国家在这里捕获大量的鳁鲸，青鲸和丰瓦洛鲸。近年来，磷虾也是捕捞的对象。在印度洋南部接近南极大陆海域，海豹、企鹅也很多。
此外，在印度洋整个热带地区的近海，特别在斯里兰卡、巴林群岛以及澳大利亚西北沿海，几百年来，一直是采集贵重珍珠和贝母的地方。