刚果河流域的野生动植物资源及其丰富，这里的热带森林称刚果雨林，为世界第二大热带雨林，有200万平方千米，占全球热带雨林总面积的25%，有“地球第二肺”之称。刚果雨林中汇聚了1万多种植物、400多种哺乳动物、1000多种鸟、200多种爬行动物，是世界最大的物种基因库之一。刚果雨林中生长着名贵的非洲乌木、非洲紫檀、非洲桃花心木等贵重树木；有可供食用的油棕、肉豆蔻；还有许多棕榈科植物如棕榈、油椰子等。雨林中的林下植物和藤本植物十分茂盛，林内还有大量的附生植物和寄生植物，有3到5层植物群落层次。从刚果雨林向北南两侧去，除河谷地带的“走廊森林”外，广大地区被稀树草原取代。这里雨季时青草蓬勃生长，草原上散布着小簇或独生的金合欢树、波巴布树等高大乔木；波巴布树可高至25米，树干粗大，胸径达9米，寿命长5000年，有“树中之象”的称号；因结的果实多汁，猿猴喜吃，故有“猴面包树”之称。热带草原到了干季，草木枯黄，当地人就点火烧草，在裸露的 焦土上种谷物。刚果雨林中树木上生活着长尾猴、狒狒、大猩猩、黑猩猩等，沼泽中栖息着河马、野水牛、鳄鱼，在开阔的疏林草地上寻食的是非洲象、长颈鹿、羚羊、胡狼、金猫等。
生活在刚果河流域热带密林中的黑猩猩是世界上最聪明的类人猿之一，喜群居，多在森林边缘活动。刚果河流域的黑猩猩种群数量正急剧减少，估计数量不足5万只，主要在刚果民主共和国东部的东方省、马尼埃马省的一些人迹罕至的密林中。在刚果民主共和国中部开赛河中游一带还栖息着一群矮黑猩猩，目前的数量已不足10000只。矮黑猩猩的体重通常不到黑猩猩的一半，成年雄性体长73~83厘米，雌性体长70~76厘米。大猩猩仅栖息在非洲赤道森林里，它有两个亚种——低地大猩猩（又称西非大猩猩）和山地大猩猩（又称东非大猩猩）；山地大猩猩主要栖息在刚果民主共和国东部与乌干达、卢旺达交界的维龙加山脉、布恩迪山脉一带，现存种群数不过1000只！已被世界自然保护联盟列入极危和濒危物种。目前刚果雨林的动植物资源正遭受惊人的破坏，森林以每年3000多平方千米的速度在减少。刚果雨林的生态破坏已得到流域内各国政府和国际社会的重视，建立了许多自然保护区；目前刚果河流域内被联合国教科文组织列入《世界遗产名录》的自然保护区（国家公园）有：萨拉加国家公园、霍加狓野生生物保护区、维龙加国家公园、马兰巴国家公园、卡胡齐—比埃加国家公园等。
位于刚果民主共和国东北部上扎伊尔苇莱地区的加兰巴国家公园，占地5000平方千米，坐落在尼罗河与刚果河分水岭上，海拔多在700~1000米，是一片典型的热带稀树草原，保护着世界罕见的白犀牛和非洲象等动物。这里的白犀牛曾一度降至仅15头（在20世纪70年代最多时有20000头），21世纪初恢复到4000头左右；公园里还有珍贵的非洲水牛、非洲大羚羊、狒狒、疣猴、长尾猴、河马、长颈鹿、疣猪、豹、狮、金猫、水獭、猫鼬等。加兰巴国家公园里的珍贵植物有合欢树、阿拉伯树胶、刺桐、榄仁树、非洲云杉、银杉、扭叶树等。1938年为保护这里的长颈鹿和白犀牛，政府设立了该国家公园，1980年加兰巴国家公园被联合国教科文组织列入《世界遗产名录》；当年世界遗产委员会的评价是：公园拥有广阔的大草原、草场以及森林区域，其间星罗棋布地分布着河边狭长树林和沼泽低地；这里是适中大型哺乳动物的栖息地：大象、长颈鹿、河马，以及珍稀的白犀牛；虽然白犀牛的体积比黑犀牛大得多，但不会危害人类，目前仅存约30头。