在所有注入叶尼塞河的各支流中，以安加拉河水量最大；长1779千米的安加拉河每年有1450亿立方米的水流入叶尼塞河，占叶尼塞河年径流总量的近1/3。安加拉河如此大的水量主要是由于它是水量特别巨大的贝加尔湖水的唯一出水河道！安加拉河与其支流伊尔库特河、伊利姆河、奥卡河等河与贝加尔湖水系共同构成面积广达104万平方千米的安加拉河水系。
位于东西伯利亚南部的贝加尔湖是亚欧大陆上最大的淡水湖，湖泊面积31500平方千米，是世界第八大湖；流入贝加尔湖的河流有330多条，其中最大的是色楞格河。色楞格河发源于蒙古境内库苏古尔湖以南，一路北流途中纳入鄂尔浑河、额吉河、乌达河、吉达河等支流，流经蒙古、俄罗斯布里亚特共和国，最后注入贝加尔湖，全长1024平方千米；色楞格河在蒙古国境内流程约600千米，是蒙古国最大河流；蒙古国首都乌兰巴托就坐落在鄂尔浑河支流土拉河畔。
贝加尔湖位于东西伯利亚南部，是世界最深和储水量最大的淡水湖，位于俄罗斯伊尔库茨克州与布里亚特共和国境内，湖泊弯曲狭长呈新月形，大致呈东北—西南走向，长630多千米，平均宽48千米，面积31500平方千米，湖面海拔456米，平均湖深744米，最深1637米（世界最深湖），总蓄水量26万亿立方米，相当于北美五大湖水量的总和，其绝对储水量占全世界淡水储量的20%！。贝加尔湖水质优良，因湖水透明度极高，加之湖区森林茂密，空气洁净，有“西伯利亚的蓝眼睛”之称。贝加尔湖水生生物极为丰富而独特，有2000多种特有的淡水湖动物，还有大量的海豹、鲨鱼、海螺、海绵、龙虾等海洋动物，更有秋白鲑、凹目白鲑、环斑海豹、贝加尔海豹等稀有物种；贝加尔海豹是世界唯一的一种淡水海豹，也是世界上最小的海豹，夏天生活在贝加尔湖中，冬季聚集在贝加尔湖北部，以湖中的鱼类为主食。“贝加尔”在当地语是“天然之海”之意，中国古代典籍中称之“北海”、“柏海”。1996年贝加尔湖被列入《世界遗产名录》，世界遗产委员会评价：坐落在俄罗斯联邦境内西伯利亚东南部的贝加尔湖，占地315万公顷，是世界历史最悠久（2500万年）且最深（1700米）的湖泊，它拥有地表不动淡水资源的20%。以“俄国的加拉帕戈斯”而闻名的贝加尔湖，因其悠久的年代和人迹罕见，使它成为拥有世界上种类最多和最稀有的淡水动物群的地区之一，而这一动物群对于进化科学具有不可估量的价值。
贝加尔湖
叶尼塞河的水能开发
叶尼塞河蕴藏着极为丰富的水能资源，且一些河谷狭长幽深，人烟稀少，建设大型水电站的条件十分优良。目前叶尼塞河流域已建成的大型水电站主要在干流的上游及支流安加拉河。叶尼塞河干流上的第一座大型水电站是竣工于1972年的克拉斯诺亚尔斯克水电站，总装机容量600万千瓦，年发电量204亿度，是俄罗斯目前装机容量第二大水电站。叶尼塞河上的第二座大型水电站是开工于1968年竣工于1989年总工期长达21年的萨彦舒申斯克水电站，位于克拉斯诺亚尔斯克水电站上游的宋努斯克市附近，总装机容量640万千瓦，年平均发电量235亿度，是目前俄罗斯装机容量最大的水电站。
安加拉河的水能开发很充分，建有四座梯级水电站：伊尔库茨克水电站、布拉茨克水电站、乌斯季伊利姆水电站、博古昌水电站。1950年开工建设1956年投产发电的安加拉河梯级开发的龙头电站伊尔库茨克水电站装机容量66万千瓦，年发电量41亿度。第二座水电站是位于布拉茨克附近的布拉茨克水电站，1954年开工1964年全部建成，总装机容量460万千瓦，年发电量226亿度，是目前俄罗斯装机容量第三大水电站；布拉茨克水电站大坝形成的布拉茨克水库面积有5426平方千米，比尼罗河上的纳赛尔水库还大些，是目前俄罗斯仅次于古比雪夫水库的第二大水库，也是世界第六大水库。乌斯季伊利姆水电站位于安加拉河中游乌斯季伊利姆斯克，布拉茨克水电站下游，是安加拉河梯级电站的第三个水电站，1962年开工1974年投产发电，总装机容量450万千瓦，年发电量219亿度，是目前俄罗斯第四大水电站。安加拉河上第四个梯级电站是博古昌水电站，位于乌斯季伊利姆水电站下游，1975年开工1982年开始发电，总装机容量400万千瓦，年发电量192亿度。
叶尼塞河更多的水电站还在规划、设计中，在叶尼塞河克孜勒附近，计划建设装机容量150万千瓦的图瓦水电站；在叶尼塞河列索西比尔斯克的下游计划建设装机容量650万千瓦的中叶尼塞河水电站；在叶尼塞河与石泉通古斯卡河汇合处的上游计划建设装机容量650万千瓦的奥西诺夫水电站；在叶尼塞河图鲁汉斯克附近，计划建设俄罗斯最大的巨型水电站——装机容量2000万千瓦的图鲁汉水电站！