然而，玛雅文明中仍有许多未解的谜：当时的玛雅人过着最原始的部落生活，生产力低下，没有铁器及任何金属，可石碑上精美的图案和文字记录，是怎样镌刻上去的？他们计算的地球年为365.242天，他们所建的金字塔四周的石阶，级数加起来正好是365，他们是如何计算出来的？他们掌握的“0”数字概念，比中国人还要早千年；他们创造的20进位制，只有在现代星际航行中才用得上。最神秘的是玛雅人的消亡，好像同时接到某种指令，抛弃了他们辛勤建筑起的家园和神庙不知去向。
100多年前，人们对玛雅文明几乎一无所知。美国人斯蒂芬斯遵循着“王子与公主”这个在中美洲长期流传的传说的暗示，深入热带丛林，走进了玛雅人的土地。终于发现了科潘古城这座神奇而雄伟的古代宫殿遗址。科潘古城的规模较大，城市的中心由广场、神庙、殿堂、宫堂、祭坛和球场等建筑物组成，还有进行天文观测的建筑设施。科潘古城遗址的发现，第一次向世人展现了玛雅古代世界的神奇和绚丽。科潘古城“曝光”以后，吸引了一批又一批的考察队，他们在北达墨西哥南部的尤卡坦半岛，南至危地马拉、洪都拉斯，直抵秘鲁的安第斯山脉的广阔空间里，共发现了废弃的古代城市遗址达170余处。这些遗址所代表的即是为后人所称道的玛雅文明，它们向世人展示了一幅生活在公元前1000年～公元800年期间的玛雅人的生活画卷。
大凡讲到金字塔，人们往往会想到埃及的金字塔。其实，古代美洲的金字塔不仅在数量上超过了埃及，而且有许多鲜明的特色。埃及的金字塔是国王法老的陵墓，而美洲玛雅人的金字塔，则不完全是帝王的陵墓，往往是一种祭坛。玛雅人对神有种近乎狂热的崇拜。玛雅人信奉的神主要有：太阳神、雨神、风神、玉米神、战争之神、死亡之神等。在玛雅人看来，神的世界远比人间凡世丰富伟大。他们经常举行祭祀典礼，每位玛雅人都认为，为神献身是一种非常神圣的事情。
玛雅文明诞生于公元前1000年，分为前古典期、古典期和后古典期三个时期，直到公元9世纪突然消失。玛雅人在这近2 000年间创造了辉煌的玛雅文明。公元800年前后，玛雅人放弃了高度发展的文明，大举迁移，他们所创建的每个中心城市也都终止了建造新的建筑，城市在某一天被完全放弃，繁华的大城市变得荒芜，任由热带丛林将它们吞没。玛雅文明一夜之间消失于美洲的热带丛林中。关于玛雅文明的消失有着种种的猜测，有人说他们是受到了瘟疫、战争等的袭击，但是为什么没有见到尸体？它的消失与它的崛起一样，充满了神秘的色彩，为世人瞩目。