水产养殖可分为淡水及咸淡水两大类。淡水养殖以塘鱼为主，这是三角洲一项特殊性商品。今天仍蓬勃发展。海水养殖则正在兴起。
1.塘鱼业的发展 鱼塘养鱼商品化比丝业还早，唐代鲩、鲮、鲤鱼苗已是商品，《北户录》即说：“贮鱼儿鬻于市，号为鱼种，鱼即鲮、鲤之属，蓄于池塘间，1年可供口腹也。”明初（1391）年记载，纳税面积中已有“塘”一项，且遍布三角洲境。1449年时，龙江鱼塘区已成，明初肥塘纳税每亩3升米，和上田一样，显示鱼塘生产价高。明代中叶分级征税，塘税已一律属上则，即比田赋要高了。1581年，测定税塘面积有159828亩，发展水平已和今天相差不大。《九江乡志》已说：“地较塘亦十之三四”，即“三基七水”或“四基六水”，和今天相似。因为这里“乡濒海地洼，粒食维艰，前人因凿沼养鱼为业”。1501年且“召九江民承西江两岸鱼埠”（即采鱼苗地），故九江为三角洲商品塘鱼开拓最早地方，兼出售鱼苗，今仍为全国各地鱼苗供应地。桑基是稍后才兴起的。清代桑基鱼塘才扩展到中山、新会、顺德以外的地区，并随着人口增加，不断截河成塘和挖田成塘等等。桑基形成后，也加速塘鱼的发展。后来丝业衰落，但塘鱼仍有发展，反映为对香港出口活鱼不见减少。建国后单产提高很快。由解放前亩产156斤到1975年增至369斤。
塘鱼近期变化是向好的方向，蚕屎、橡草喂养年收一次，亩产400斤，现改为人工配合饲料，多级轮养，合理密养、混养，使用增氧机，使鱼产年收3—4次，亩产千斤。引进新品种，网箱养鱼、高密度流水养鱼，逐渐向高价、优质、高产鱼类发展，如淡水白鳁、罗氏对虾、加州鲈鱼、光吻鲈鱼、脆肉鲩、桂鱼、对虾、水鱼、非洲鲫等，进行人工繁殖，品种改良。1985年鱼塘面积扩大为398.7万亩，总产量51.8万吨，平均亩产130公斤，均居全国第一位，远销日本、东南亚各地。
2.海水养殖 海水养殖以蚝和青蟹两类为主，为三角洲的特产。
蚝成为商品早见于唐代《岭表录异》，但只是采集出售。开塘种蚝却始于宋代，蚝民投石围竹种蚝，到元代靖康已成蚝田，纳税买卖（见《永乐大典》）。明代改为烧红石块才投水中，以增蚝苗附着数量，1岁可两种。宝安沿海盛时养蚝万余人（1934）。东莞蚝田200多顷，产值90万元。产品有蚝豉、蚝油等。深圳近年用深水吊养，蚝田面积已达5万多亩，产鲜蚝1600吨，未及盛时（7万亩，产量3650吨，1934）。珠海新养蚝37556亩（1989），并向深水养殖方向发展。
青蟹是高值水产，虎门膏蟹向为名产，珠海沿岸鱼塘已把青蟹列为主要养殖对象，但由于饲养历史短，清代才在河涌建闸饲养，目前亩产值不高，约200元1亩（1989）。蚝怕沙泥埋死，蟹要求泥滩，故三角洲海水养殖分布是蚝在东莞、保安，蟹在珠海、斗门，即分布于珠江口东西两岸。