沿古巴北岸航行了5个星期，船队仍旧没有找到黄金。由于听信了阿拉瓦克人的意见，有一天，平塔号船长自做主张起锚向东航行，去一个叫巴比克的海岛上寻找黄金，自此一去6个星期不见归来。
12月5日，哥伦布只率领着尼娜号和圣玛丽号到达了古巴的最东端，在继续东行中，又一个人口众多，风景优美的海岸出现了。全体人员都认为这是一个和西班牙同样美丽的海岛，西班牙岛就这样被哥伦布命名为这个海岛的名称，这就是现在的伊斯帕尼奥拉岛，属于海地和多米尼加共和国。
又过了两个星期，哥伦布他们勘查了伊斯帕尼奥拉岛北部海岸的大约1/3的地方，并且绘制了一幅相当准确的这一带的地图。有时他们去参观阿瓦克人的大部落并一同去寻找黄金。他们发现越是向东走，就越有找到黄金的苗头。
12月20日，船队在四周环山的阿库尔湾下锚。友好的当地居民将一些黄金饰物献给了他们。一件嵌金的精绣棉布做为礼物送给了哥伦布，这是在东边几英里外的一个部落酋长特意送来的，因此哥伦布决定马上回访。途中，圣玛丽号不幸触礁。哥伦布从这位酋长那里得知在内地有一个黄金十分丰富的叫锡瓦奥的地方。锡瓦奥又被哥伦布误解为可能是日本国的误读，因此他更认为无尽的宝藏已终于在这个西班牙岛上被发现了，也更相信西班牙岛就是位于中国东边海上的日本国。他们在岸上修了一个寨堡，木料来自于圣玛丽亚号船的残骸，命名为纳维达德，西班牙语的意思就是“圣诞节”。作为
在这新大陆上的第一次殖民活动，哥伦布留下40人开采伊斯帕尼奥拉的金矿。随后，他们带着从岛上弄到的各种特产，大量的黄金以及那6个印第安人作为这次发现的证物，于1493年1月4日起锚开始了返回西班牙的漫长航程。
两天后，哥伦布的尼娜号又和正贴岸向西航行的平塔号重新会合。两只探险船无畏地驶向茫茫大西洋。两星期后，伊斯帕尼奥拉的群山就再也看不到了。归航的旅途也是惊验万状的，同样经历了惊涛骇浪和狂猛的风暴，在亚速尔群岛附近，两艘船又被巨大的风浪所冲散。3月4日，历尽坎坷的尼娜号终于到达了里斯本，3月15日，船又驶进了出发时的帕洛斯港。平塔号在几个小时后也进了港口。经过7个月零12天，这些疲倦的探险者终于又回来了。
哥伦布一生中最愉悦的日子要算他回来后的几个月，4月中旬他被召进宫，并且得到了将军的封号，隆重的招待也大出哥伦布意料之外。哥伦布也因此成了风云一时的英雄。