太平洋也并不都太平，只不过麦哲伦船队航行的三、四月里风浪很少。其他时候的风浪一点也不比大西洋小。
正当他们欢欣鼓舞的时候，麦哲伦料想不到的是圣安东尼奥号返回西班牙之后，哥米什对麦哲伦极尽诬蔑之能事，致使西班牙国王查理一世逮捕了他的岳父和妻子，严加审问。妻子彼脱利兹身受摧残不久就病死了。
漫长的横渡太平洋开始了，可是船上的饮水变质发臭了。即使这样，每人每天也只能分上一小杯。储存的饼干因是奸商卖的，掺了很多土和老鼠屎。加上长期缺乏蔬菜，许多人牙龈化脓，全身浮肿，得了坏血病。还有的船员因病死去。
在这生死关头，1521年3月6日，船队抵达北太平洋的关岛。补充了水果、鱼、猪肉，渐渐地船员们身体康复了。至此，麦哲伦已经在太平洋上航行了三个月零二十天，漂泊了9000海里。
他们继续向西航行，一周后，他们来到了菲律宾群岛。岛上树木茂盛，
许多土人乘独木舟在水上驶来驶去。麦哲伦便带着贴身奴仆亨利和史学家比加费德迎着土人走过去。
麦哲伦对亨利说：“你去问问那些土人，这岛叫什么名字？”亨利原是苏门答腊的马来人。他在几年前成为麦哲伦的奴仆，麦哲伦待他很好，在遗嘱中写明，他死后，亨利即可获得自由，同时给他留下一笔生活费。
亨利走上前去用马来语问：“请问，你们这个岛叫什么名字？”
土人们大吃一惊，亨利也大吃一惊，麦哲伦更是惊讶，他们的语言竟能相通，互相都能听懂！这是个了不起的事情啊！它证明，麦哲伦的船队已经来到了真正的东方！
土人们得到了麦哲伦的礼物以后，给了麦哲伦一大筐鱼。次日，这个名叫马萨瓦岛的首领卡兰布，召见了麦哲伦。
几天后，在卡兰布的带领下，麦哲伦的船队去了宿务岛拜会总督。这是一个很大的港口，港口停着许多外国船只。总督胡马波那接见了麦哲伦的代表亨利和比加费德。
当地铁比黄金贵，许多船员用铁去换黄金，14斤铁可以换15斤黄金。
1521年4月14日，麦哲伦正式在宿务岛登陆，并举行了隆重的仪式。前边有40名武装水手开道，后边有军官护送，船上也鸣炮助威，结果炮声吓得前来观看热闹的土著人东奔西逃。麦哲伦与胡马波那签订了友好协约，协约规定，西班牙人在宿务岛及该地区享有贸易专利权，西班牙还有义务保护受洗礼的教徒。麦哲伦一心想扩大西班牙的势力，其本质无疑是资本主义扩张与侵略；胡马波那的意愿则是想利用白人的枪炮打击自己的政敌与反叛者，以巩固自己的势力。
签约后约7天左右，胡马波那写信给麦哲伦说：“麦哲伦先生，有一事相告，马克坦岛上的头目西拉布拉布叛变了！他拒不服从我的命令，甚至阻止岛上各头目向我交纳赠给西班牙的礼物。”
麦哲伦十分生气，特别是看到拒不交纳礼物之处，说：“不能容忍！我要让他们晓得我们枪炮的厉害！”
1521年4月27日，麦哲伦亲自指挥着一支60人组成的武装登陆队，乘船向马克坦岛进发。
马克坦岛首领西拉布拉布集合了他的部下一千多人，大声宣布：“我们有长矛，我们可以打胜仗！”
应该承认，西拉布拉布确是一位了不起的民族英雄。在白人与先进的枪炮面前，他毫不惧怕。
麦哲伦率领着武装水手冲上岸去。他们身穿护胸甲，手持枪支与矛剑。土人拼命的反击，特别是他们发现白种人胸前穿有护甲，就专门放箭瞄准白人的腿脚。麦哲伦正要举枪，被一只毒箭射中腿部。几个土人大概从麦哲伦的服装上辨认出，他是白人士兵的首领，迅猛地扑过来。麦哲伦拼死反抗，长矛刺中其中一个土人的胸部，就在麦哲伦想抽回长矛的瞬间，一块巨石飞了过来，正好击中他的胳膊。麦哲伦再次负伤了，麦哲伦终于支持不住，倒在了海滩上。十几个土人冲上前，用长矛刺他，用刀砍他。麦哲伦当场毙命。
麦哲伦死后，西班牙士兵群龙无首，乱作一团。他们惊慌失措地逃回船上。两天以后，他们派人与马克坦岛的首领西拉布拉布商议，希望归还麦哲伦的尸体，或者用玻璃珠项链换回尸体。
西拉布拉布不答应：“敌人的尸体是不能卖的！”
从此以后，就再也没有人知道麦哲伦的下落了。麦哲伦以他超越前人的远航为人类作出了不朽的贡献，但是，他又是罪恶的资本主义扩张侵略的帮凶。因此，他没能逃脱历史与人民的惩罚。
麦哲伦死后，酋长胡马波那看到西班牙人大势已去，自己征服马克坦岛的希望落了空，就对西班牙人极其冷淡。为了能从西班牙人手中夺得武器，他们设了圈套，捉住了西班牙人选出的临时指挥、麦哲伦的妻弟巴尔波查。留在船上的西班牙人不同意交武器，胡马波那杀死了巴尔波查。
此时，麦哲伦的原有船队康塞普逊号已经破烂不堪。仅有特里尼达号与维多利亚号在这一年的11月到达了马鲁克群岛中的地多雷岛。他们在那里采购了许多香料。
在准备起程时，发现特里尼达号严重漏水，只好留下修理。维多利亚号在新选出的船长埃里卡诺指挥下，于1521年12月21日踏上了归国的航程。
因为惧怕船只被葡萄牙人扣下，所以一路上不敢停留，不敢靠岸。吃的食物和淡水越来越少，许多船员死亡了。在到达好望角的时候，船上的主桅杆折断了。几经修理，勉强越过了风浪区，驶入了大西洋。
在到达佛得角群岛时，上岸购买食物的水手，带回一个他们百思不得其解的问题。
他们告诉船上的史学家比加费德：“岛上葡萄牙人说，今天是星期四。”比加费德始终在记航海日记，他很奇怪，查看了一下记录，说：“怎么会是星期四？今天明明是星期五啊！难道是我记错了吗？”
当时，他们还不知道他们发现了一件极不平常的事。这就是：以一定航向绕地球一周，要么多一天，要么少一天。后来，他们返回西班牙之后，天文学家解开了这个谜。原来，地球不仅是圆的，而且还在自转。如果总是向着日落方向航行，绕地球一周之后，就会少一次日出与日落。
最后，维多利亚号于1522年9月6日，载着幸存的远航者，历时1080天，航行46280海里返回了西班牙巴拉麦拉港。