1505年，麦哲伦25岁。这一年，葡萄牙决定派亚尔美达去印度，任第一届总督。同时还决定，亚尔美达到印席去上任的时候，要率领一支庞大的船队，一是显示葡萄牙的国威，二是去镇压当地人民的反抗，三是掠回当地的财富及生产原料。麦哲伦再次请求参加这支远航船队。这次他如愿以偿。开始了他的航海生涯。
这支船队到达了印度，途经非洲东海岸与西海岸，目睹了白浪滔天的好望角。后来，他又随船队到过南洋群岛的马六甲、苏门答腊、爪哇、马都拉、西里伯斯、布鲁、安汶、班达等大小岛屿。然而这次远航，是一次侵略与掠夺的航行，一路上船队烧杀抢掠，暴露了一个新兴资本主义国家凶残的本质。随队远征的麦哲伦自然也不例外，充当了侵略者。因为他不可能超越他的阶级局限，他一心想的是获得荣誉与金钱，振兴他的骑士家族。
从1505年到1513年，将近8年的时间，他东闯西荡，在非洲、亚洲为葡萄牙卖命。在战争中，他多次负伤，有几次险些送命。最后，命虽保住了，他的一条腿却留下了残疾。渐渐地他对这种掠夺的远征航行失去了兴趣。数年的奔波与冒险，虽然锻炼了体魄与性格，积累了丰富的航行与作战经验，但财宝却一无所获，到头来仍然两手空空。他曾对人说：“我为国王效劳，遍体鳞伤，立下了不小的功劳。国王和王后应该记得我，给我应有的荣誉与奖赏。”但是，他的希望落空了。在他进入中年的时候，他开始考虑他以后的生活道路。他痛恨里斯本当权者的无情无义，他厌恶官场的唯利是图。想来想去，他决心回到家乡去，也许那里会给他带来希望，带来温暖，带来成功。
在返回故乡的途中，他想起了少年时代的理想。他虽然对世态炎凉的生活感到厌恶，可对航海仍然满怀激情。闲暇的时间，使他冷静下来思索着探险史上的一次次壮举，思索着他到过的南洋群岛，思索着从那里再往东去将会是什么地方？他想到了哥伦布，他发现的新大陆决不是尽头。不是地球的尽头，再往前去，会是哪里呢？
他心头萌动着许多念头：那大海是否相通？那地球是否是个圆球？谁会
去大胆地探索一下，用事实证明这些想法？
他总想到自己。他觉得自己有这样的条件，有这样的毅力。
麦哲伦的想法不是没有根据的。哥伦布是
1492年发现新大陆的。继哥伦
布之后，意大利热那亚的另一位航海家卡伯特在
1498年也到达了那新大陆
（北美洲和南美洲）。后来，佛罗伦萨的探险家亚美利加于
1499到
1504年
也来到了美洲。美洲就是用他的名字命名的。更重要的是西班牙探险家巴尔
波亚于
1513年在南美洲登陆以后，穿过巴拿马狭窄的地峡，竟然到了南美洲
的西岸，看到了一望无边的汪洋大海。那是什么海？什么洋？当时，巴尔波
亚不知道，其实那就是太平洋。巴尔波亚给那片汪洋大海起了个名字，叫“大
南海”。
麦哲伦想了许多许多。他的雄心壮志与返回故乡的幸福回忆交织在一
起。
他已经离开家乡
23年了。人们以为麦哲伦衣锦还乡，纷纷祝贺。但当他
们看到麦哲伦一贫如洗时，顿时恶语相伤。
世态的炎凉，使他走投无路，只好再次背井离乡，参加了葡萄牙军队对
非洲摩洛哥的战事。
为了博得上级的青睐，获得奖赏，他做战勇敢，因而又一次负伤。
他的勇敢却遭到了别人的非议。有人向上级诬告他：“麦哲伦曾将在战
场上俘获的战利品卖给了我们的敌人。”
麦哲伦悲愤交集，决定回里斯本为自己申辩。他请假，上级不准，于是
他在获得口头上的暂时离开的公假后回到了里斯本。谁知麦哲伦刚回到里斯
本，控告他擅离战场，是可耻逃兵的公函也到了。于是，他被逮捕，接受审