野鼠类个体虽小，但数量众多，对草原的危害相当严重。在中国干旱草原、高寒草原和高寒草甸草原地区，被鼠类破坏的草原面积竟占该地区草原总面积的 30％以上。
生活在草原上的鼠类特别喜食牲畜爱吃的优良牧草，如羊草、针茅、冰草和冷蒿等。据测定，一只布氏田鼠每日吃干草 14.5克，全年可消耗牧草约5.5.害鼠不仅采食牧草，而且为了逃避天敌，它们还广挖洞穴。大量的鲜土被推出地面，形成大小不等的土丘，从而破坏了草原。一只沙土鼠可破坏草原3.6平方米，一只鸣声鼠可破坏草原9.6平方米，一只布氏田鼠破坏的草原面积可多达10.8平方米。干旱草原上的黄鼠也可使草原千疮百孔，广大牧民将此现象简单地概括为：“老鼠打洞，地下挖空，土壤沙化，寸草不生”。
中国各族人民对于消灭草原害鼠有着丰富的经验，主要是掌握害鼠的活动规律，抓住有利时机，投毒灭杀。灭鼠最有利的时机是害鼠食物最缺乏的“青黄不接”季节或害鼠大量贮粮的时候。一般可分为春季灭鼠和秋季灭鼠，前者主要是消灭当年的害鼠，后者则是为了消灭下一年的害鼠。
不同的害鼠可采用不同的药物和方法灭除，在不同的季节进行。如用毒饵法杀灭布氏田鼠、长爪沙鼠和达乌尔黄鼠，在春秋两季效果最好；而杀灭高原鼠兔只有在冬季和初春效果才最好。用喷洒法杀灭地下害鼠如鼢鼠、鼹鼠等，只有在牧草返青以后或牧草枯黄之前进行，效果最好。旱獭不喜食饵料，可用枪击或鼠夹、套子等器械来捕杀。
利用鼠类的天敌灭鼠也是一种既经济又科学的方法。所谓天敌，就是以鼠类为食的小禽兽，如鼬类（黄鼬、艾鼬、伶鼬、虎鼬等）、鼬獾、豹猫、家猫等以及猛禽，如鵰、鹰、枭等都常捕食鼠类。据报导，一头枭（猫头鹰）在一个夏季可以捕杀1000只田鼠；一只白鼬一年可捕食2 500～3 500只鼠。它们的嗅觉和听觉非常灵敏，很远便能嗅到老鼠的气味，并能准确判断洞内是否有鼠，有的竟可以钻进洞口把整窝老鼠吃光。
根据天敌的生活习性，积极创造有利于鼠类天敌的生存条件，就可以在一定程度上控制草原鼠害的大量发生。如在草原上每隔500米埋一根木杆，供猛禽落脚，则基本上可以控制该地区的鼠害发生。
草原上的昆虫种类也很多，其中害虫占绝大多数，主要有蝗虫、草原毛虫、草地螟以及地老虎、蝼蛄等。
在蝗害严重的草原上，虫口密度可达200头/平方米左右，牧草损失一般达30～50％，甚至有的地方牧草几乎被吃光，土壤裸露。因此，解放前人们把蝗虫与洪水、干旱相提并论，称为“蝗灾”。史书中有关“赤地千里”、“寸草不留”等词句，就是对蝗虫危害的记载。
草原毛虫和草地螟等对牧草的危害也很大。如青藏高原上，多发生在以嵩草为优势的高寒草甸和以嵩草、针茅为优势的草原化草甸上。大量发生时，每平方米约有草原毛虫300～500条，它们多摄取优良牧草的幼嫩枝、叶、芽等，使植物的生长发育受到抑制；而被遗弃的杂类草却迅速生长和发育，使生产力下降50％以上。1979年乌兰察布盟草地螟大量发生，面积达 1000多万亩，虫口密度接近历史最高程度。凡牲畜喜食的优良牧草，均为害虫所喜食，它们往往能把当年生长的青绿牧草一扫而光，残留的茎叶被牲畜采食后，也容易引起中毒。
新中国成立后，中国几乎每年都在草原上用飞机灭虫，使虫害基本上得到了控制。防治草原害虫，过去主要是喷洒六六六粉，但其含有不分解的氯，对人、畜均有慢性中毒的弊病。以后改用 6％敌百虫粉剂或液剂防治草原毛虫，收到了良好效果。10％的除虫精乳剂每亩 10毫升，亦可杀死草原毛虫90％以上。
害虫的天敌也很多，如鹀鸟以蝗虫为食；泥蜂用尾刺入蝗体后足基节窝，能致死蝗虫；食虫虻则能捕食幼蝻（蝗虫卵孵化出来的幼虫）；花斑芫菁及黑豆芫菁等喜取食蝗卵。寄生蜂、寄生蝇、细菌、真菌以及一些肉食昆虫、鸟类等也能消灭一部分化蛹期的毛虫，其中寄生蝇的寄生率可达 44.6％。由此可见，天敌灭虫的本领比化学农药更胜一筹。
除了鼠、虫害以外，草原上还有成千上万种用肉眼看不见的“敌人”——病菌，它们在不声不响地危害着牧草。据不完全统计，中国草原上优良的禾本科牧草受麦角病菌感染的已有 26属，39种之多。如新疆伊犁草原上的优良禾本科牧草——虉草，在 1.1克牧草种子的样本中，就有麦角 327个，重达 0.7克，占样本总重量的 63.6％；灯心赖草的种子除有麦角外，还严重地感染有网腥黑穗病。
牧草病害除了直接影响牧草的生长发育导致减产外，有些牧草的病菌还含有有毒物质，会使牲畜中毒甚至死亡。
随着农业科学的发展，草原病害已日益受到人们的重视。目前，仍然要贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针，根据病害发生的规律，掌握病害动态，及时进行预测预报；加强病害检疫和抗病育种工作；采取合理的耕作培育措施。一旦发生病害，应立即采用各种农用抗菌素，如放线菌素、春雷毒素和内疗素等生物制剂加以防治。