沟通苏、锡、常、杭、嘉、湖的江南运河，两岸城镇密集，工厂林立，其中苏、锡、常3市附近运河段，工业污水日排放量达150×104t，生活污水达180×104t，运河水常年黑臭，鱼虾已绝迹。运河杭州段，据1987年调查，每年排入污水已达1.9×104t。比1984年增加2600×104t，并且污水中含污物浓度也相应增加。至今，江南运河全河的水质已达不到国家地面水三级标准。
苏州河和黄浦江流经上海市区和郊区，江水污染更是触目惊心。黄浦江的支流苏州河，在市区内长54km，两岸工厂近千家，每天排放大量工业污水，再加上居民生活污水及支流汇入的污水，每日约有100×104t之多，其中40×104t污水由污水管排入长江，余下60×104t污水排入苏州河。因受潮汐影响，苏州河中污水常常不能在一个落潮过程中全部排出河口，又重新被涨潮流顶回，使污水在河中来回回荡。如北新泾处污水，一般需11个潮汐（约5天半时间）才能排出河口；污水最多的曹家渡—北新泾一带，有时黑臭水可上溯到黄渡以上。苏州河实际上已是一条排污的臭水沟，现已着手进行大规模整治，以便在近期做到基本上消除苏州河水的严重污染。黄浦江水体污染也较严重，仅略好于苏州河。据80年代统计，每日排入黄浦江污水有530×104t之多，污染最为严重的川扬河至吴淞口的下游段，由于两岸污水的直接排入和苏州河污水的汇入，大量污水汇集在下游，再加上潮汐顶托，污水回荡，使污水不能排出口外。自60年代起，黄浦江水黑臭逐年加重，60—70年代，黑臭大多发生在6—8月，每年累计黑臭天数30—50天；70年代末起，全年黑臭，每年累计黑臭天数多达150天。
太湖环湖三面均为水网平原，湖西和湖北地区水网密织，众多的入湖口门，常是污水的排污口。不过太湖绝大部分水域的水质尚好，接近国家地面水一级标准，但少数水域（约11％水面）已遭受不同程度污染。据统计，无锡、常州及湖州等中小城市每天排入湖中污水约80×104t。值得注意的是，近年湖水富营养化加剧，无锡市郊的五里湖、梅梁湖的湖面有时为藻类覆盖，已影响城市供水。
长江河口段水域，沿江两岸排污水量也较大，江苏境内长江段，仅南通、镇江二市每天就排放污水34×104t，上海市位于长江口的西区和南区污水排放区。由于长江口水面宽广，入海水量大，污径比相对较小，故长江河口段总体水质尚好，仅是局部岸边形成明显污染带。
（3）地下水过量开采，导致地面沉降 长江三角洲工农业发达，人口稠密，工农业用水和生活用水量大，上海、苏州、无锡、常州及南通等大中城市附近江河水体水质受污染，已不能满足工业和生活用水需要，只能增加地下水开采量以弥补不足。据统计，上述城市80年代地下水日开采量：上海市31×104t，南通市12×104t，无锡市8×104t，常州市30×104t，嘉兴6.5×104t。总计地下水年开采量4×104t。地下水过量开采，导致地下水位下降，地下水降落漏斗面积逐年扩大加深，并引起地面沉降。